重复1000个核苷酸窗口中的序列
我试图用Python编写一个代码来检查我的fasta文件中的每个序列，并使用一个1000个核苷酸滑动窗口打印每个序列的新列表，但我不知道出了什么问题。
"Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 4, in <module>
TypeError: expected a string or other character buffer object"这是我的代码：
from Bio import SeqIO
for record in SeqIO.parse("fasta.txt", "fasta"):
pos=0
if pos<len(record)+1:
dna_1000.write("\n"+">"+record.id+"_"+pos+"\n"+record[pos:pos+1000])
pos=pos+1000我试过的方式略有不同：
from Bio import SeqIO
for record in SeqIO.parse("fasta.txt", "fasta"):
for pos in range(0,len(record)+1,1000):
dna_1000.write("\n"+">"+record.id+"_"+"\n"+record[pos:pos+1000])但我也收到了这样的信息：
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 3, in <module>
TypeError: expected a string or other character buffer object非常感谢你来看这个！
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2017-04-19 05:08:38
原始代码在TypeError: cannot concatenate 'str' and 'int' objects中失败，因为dna_1000.write(...+'_'+pos+...)行将对象'_' where type('_') = str添加到对象pos where type(pos) = int中。这是不可能的，因为Python从不隐式地添加字符串和int :您必须在添加int：dna_1000.write(...+'_'+str(pos)+...)之前将其转换为字符串。
现在我们遇到了另一个错误TypeError: expected a string or other character buffer object。这源于dna_1000.write方法，该方法抱怨它不知道如何处理它的参数。它希望得到类似于字符串的内容，但得到的是"\n"+">"+record.id+"_"+str(pos)+"\n"+record[pos:pos+1000])，即SeqRecord。这是因为record是一个SeqRecord，切片一个SeqRecord会给您一个SeqRecord，而向SeqRecord中添加一个字符串会给您一个SeqRecord (带有一个修改的核苷酸序列)。
要真正访问切片record的底层核苷酸序列，需要使用.seq，并将其写入文件中，您需要将其转换为字符串。因此，要使代码运行不出现错误，可以执行以下操作：
from Bio import SeqIO
for record in SeqIO.parse("fasta.txt", "fasta"):
pos=0
if pos<len(record)+1:
seqstr = str(record[pos:pos+1000].seq)
dna_1000.write("\n"+">"+record.id+"_"+str(pos)+"\n"+seqstr)
pos=pos+1000这是否是解决问题的最佳方法(或者这段代码是否能实现您的期望)是另一个我没有背景可以回答的问题。我唯一的其他建议是阅读http://biopython.org/wiki/SeqIO，看看包含的IO函数是否有帮助。
https://stackoverflow.com/questions/43485479
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