求出所有观测组合的集合之间的交点
求出所有观测组合的集合之间的交点
提问于 2017-05-12 19:35:05
我有一个像这样的数据集
target.id source.id connected
1 1 0
2 1 0
3 1 0
4 1 0
5 1 0
6 1 0
1 2 1
2 2 0
3 2 1基本上，我有一个源位置，目的地位置，以及它们是否连接。这里的连接是定向的，例如，位置1可以连接到位置8，而位置8不能连接到位置1(想想航空公司的航班，亚特兰蒂斯号可以向火星发射飞行，而火星可能不会将飞行发送到亚特兰蒂斯，这意味着亚特兰蒂斯与火星相连，而火星不与亚特兰蒂斯连接)。
我需要找出一组“完全”连接的地点，在那里所有的观测都是彼此的来源和目标。我需要做成对，3乘3，并达到什么是可行的，因为我有75个地点。例如，对于3乘3，位置3、5和8是彼此的源和目标。
我试图解决这个问题的方法是，得到1:length(unique(target.id))的所有排列，2乘2，3乘3，直到8乘8 (8乘8是我所看到的最大集合)，然后所有的排列都是intersect。
不过，很明显，这是太慢了。有更好的方法吗？
回答 1
Stack Overflow用户
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发布于 2017-05-12 20:42:45
听起来，您需要有向图中大小为2到8的所有集群，其中节点是您的in，当源->目标被标记为在数据集中连接时，节点是存在的。第一步是对连接的边缘进行过滤，生成类似于以下示例数据的内容：
(filtered <- data.frame(source.id = c(1, 1, 2, 2, 3, 3, 3, 4, 4), target.id = c(2, 3, 1, 3, 1, 2, 4, 3, 5), connected = 1))
# source.id target.id connected
# 1 1 2 1
# 2 1 3 1
# 3 2 1 1
# 4 2 3 1
# 5 3 1 1
# 6 3 2 1
# 7 3 4 1
# 8 4 3 1
# 9 4 5 1接下来，您可以将数据限制为两个方向连接的id对：
(bidir <- filtered[duplicated(paste(pmin(filtered$source.id, filtered$target.id),
pmax(filtered$source.id, filtered$target.id))),])
# source.id target.id connected
# 3 2 1 1
# 5 3 1 1
# 6 3 2 1
# 8 4 3 1在这个样本数据中，大小2的团是(1，2)，(1，3)，(2，3)和(3，4)，而大小3的团是(1，2，3)。igraph包在“接近最佳的时间”中计算这些参数：
library(igraph)
g <- graph.data.frame(bidir, directed=FALSE)
cliques(g, min=2, max=8)
# [[1]]
# + 2/4 vertices, named:
# [1] 2 3
#
# [[2]]
# + 2/4 vertices, named:
# [1] 2 1
#
# [[3]]
# + 2/4 vertices, named:
# [1] 3 4
#
# [[4]]
# + 2/4 vertices, named:
# [1] 3 1
#
# [[5]]
# + 3/4 vertices, named:
# [1] 2 3 1页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/43945252
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