R火山图
R火山图
提问于 2017-06-02 07:04:54
我有这行代码：
plot(gene_list$logFC, -log10(gene_list$P.Value),xlim=c(-10, 10), ylim=c(0, 15),xlab="log2 fold change", ylab="-log10 p-value")这就产生了火山图；然而，我想找到一种方法，在那里我可以用红色着色点>log(2)和
编辑:好的，作为一个例子，我试图做以下工作来获得火山图：
install.packages("ggplot2")然后
gene_list <- read.table("/Users/Javi/Desktop/gene_list.csv", header=T, sep=",")
require(ggplot2)
##Highlight genes that have an absolute fold change > 2 and a p-value < 0.05
gene_list$threshold = as.factor(abs(gene_list$logFC) > 2 & gene_list$P.Value < 0.05)构造绘图对象
g = ggplot(data=gene_list, aes(x=logFC, y=-log10(P.Value), colour=my_palette)) +
geom_point(alpha=0.4, size=5) +
theme(legend.position = "none") +
xlim(c(-10, 10)) + ylim(c(0, 15)) +
xlab("log2 fold change") + ylab("-log10 p-value")我想要做的是将logFC值>2颜色，用蓝色表示logFC值< -2。
回答 3
Stack Overflow用户
发布于 2017-06-02 07:37:57
您需要使用col参数，这样的东西应该可以做到：
# first set up the plot
plot(gene_list$logFC, -log10(gene_list$P.Value),
xlim=c(-10, 10), ylim=c(0, 15),
xlab="log2 fold change", ylab="-log10 p-value",
type="n")
# then add the points
sel <- which(gene_list$logFD<=log(2)) # or whatever you want to use
points(gene_list[sel,"logFC"], -log10(gene_list[sel,"P.value"]),col="black")
sel <- which(gene_list$logFD>log(2)) # or whatever you want to use
points(gene_list[sel,"logFC"], -log10(gene_list[sel,"P.value"]),col="red")Stack Overflow用户
发布于 2017-06-02 10:16:42
您需要添加一个阈值列，报告logFC值> 2、logFC值< -2和中间值之间的标签：
mydata<-mydata%>%mutate(threshold = ifelse(logFC >= 2,"A", ifelse(logFC<=-2 , "B", "C")))接下来，您将对火山图进行编码，并通过geom_point和scale_colour_manual分配颜色。B是logFC<=-2的标签是蓝色的
ggplot(mydata, aes(x=logFC, y=log10)) +
geom_point(aes(colour = threshold), size=2.5) +
scale_colour_manual(values = c("A"= "yellow", "B"="blue", "C"= "black"))Stack Overflow用户
发布于 2022-08-11 09:49:31
您将需要创建另一列，然后插入一些文本，例如，调高的、下调的。然后根据logFC的值设置值
de_genes$diffexpressed <- "NO"
de_genes$diffexpressed[de_genes$logFC>0.58]<-"UP"
de_genes$diffexpressed[de_genes$logFC<0.58]<-"DOWN"然后，使用ggplot生成绘图，并使用带有标签的列对它们进行标记。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/44322793
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