Plink染色体的合并
Plink染色体的合并
提问于 2017-06-14 11:20:54
我已经下载了1000 G数据集的vcf格式。使用Plink 2.0，我将它们转换成二进制格式。现在我需要合并1-22染色体。我正在使用以下脚本：
${BIN}plink2 \
--bfile /mnt/jw01-aruk-home01/projects/jia_mtx_gwas_2016/common_files/data/clean/thousand_genomes/from_1000G_web/chr1_1000Gv3 \
--make-bed \
--merge-list /mnt/jw01-aruk-home01/projects/jia_mtx_gwas_2016/common_files/data/clean/thousand_genomes/from_1000G_web/chromosomes_1000Gv3.txt \
--out /mnt/jw01-aruk-home01/projects/jia_mtx_gwas_2016/common_files/data/clean/thousand_genomes/from_1000G_web/all_chrs_1000G_v3 \
--noweb但是，我知道这个错误
错误：--合并列表只接受1个参数.
chromosomes_1000Gv3.txt有与第2-22染色体相关的文件，格式如下：
chr2_1000Gv3.bed chr2_1000Gv3.bim chr2_1000Gv3.fam
chr3_1000Gv3.bed chr3_1000Gv3.bim chr3_1000Gv3.fam
……
有什么建议吗？
谢谢
Stack Overflow用户
发布于 2017-07-19 18:44:43
--合并列表不能与--bfile结合使用.您可以在一个plink命令中使用--bfile/-bmerge或-merge-list。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/44543336
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