将dada2安装到通过condas安装的R版本中
我有一个通过condas安装R的环境(我目前在jupyter笔记本上使用R，所以这一点是有意义的)。我想在这个版本的R中使用dada2。
根据这个站点https://anaconda.org/bioconda/bioconductor-dada2，实现这一目标的正确命令是
conda install -c bioconda bioconductor-dada2 这将给出以下错误：
取包元数据.解决包装规格：.
UnsatisfiableError:下列规格被发现有冲突：-生物导体-dada2 2 ->生物导体-生物弦>=2.32.1 ->生物导体-生物合成材料>=0.15.6 -> r 3.3.1* -> r-碱3.3.1 -r胶使用"conda info“来查看每个包的依赖关系。
如果我运行conda info package r-glue，我可以看到它依赖于r-base 3.4.1。
另一种方法也不起作用：
我也试着进入R并从那里安装，但是我无法用R软件包来安装任何软件包
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("dada2")给出一个非常长的输出，但缺少的是一组依赖项返回错误。
错误:程序包“‘/home/jacob/anaconda3/lib/R/library/RcppParallel’”的编译失败*删除RcppParallel错误:对于“IRanges”*删除‘/home/jacob/anaconda3 3/lib/R/库/DelayedArray’错误:依赖关系‘S4Vectors’、‘IRanges’、‘matrixStats’对包DelayedArray不可用
然后是更多的东西最后
错误:依赖项‘Biostring’、‘ShortRead’、‘RcppParallel’不能用于包‘dada2’*删除‘/home/jacob/anaconda3 3/lib/R/库/dada2 2’
下载的源代码包在‘/tmp/rtmptx8OqE/ downloaded _ packages’中更新“.Library”中生成'packages.html‘的包的HTML索引。完成旧包：“curl”、“dplyr”、“foreign”、“haven”、“httpuv”、“mgcv”、“purrr”、“Rcpp”、“TTR”、“xts”“Update all/some/none”？a/s/n：
然后所有的更新都失败了。
正确的答案是不要尝试在R中使用condas的dada2，而只是使用condas独立版本的R，还是有某种方式我遗漏了？
我在ubuntuLinux16.04和Conda3.2.23上运行RVersion3.4.1来了解它的价值。
回答 2
Stack Overflow用户
发布于 2018-10-28 07:44:35
我也在这个问题上苦苦挣扎。在参与了github问题中的一些讨论之后，我了解到您的频道的顺序实际上需要与bioconductor频道文档所建议的不同。让它成为我安装dada2的环境的dada2，解决了这个问题。
.condarc
channels:
- conda-forge
- bioconda
- defaults如果它对任何人有帮助，您可以在这里查看：https://github.com/abalter/dada2-tools
Stack Overflow用户
发布于 2017-08-07 23:03:17
我发现把我的R版本降级到3.3.1似乎解决了这个问题。为了做到这一点，我首先去掉了R
conda remove r选中以确保该方法在conda list中有效。
然后，我重新安装了r conda安装r==3.3.1的旧版本。
其次是dada2
conda install -c bioconda bioconductor-dada2 这起作用了。最后，我增加了一些基本要素(我需要这些东西，尤其是为了让笔记本电脑工作)。
conda install -c bioconda bioconductor-dada2 有了这一点，一切似乎都如期而至。
https://stackoverflow.com/questions/45556517
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