如何通过level()函数将dataframe中的值转换为虚拟值？
如何通过level()函数将dataframe中的值转换为虚拟值？
提问于 2017-08-22 04:49:29
给定的数据是
SNP1 <- c("AA","GG","AG")
SNP2 <- c("AA","CC","AC")
SNP3 <- c("GG","AA","AG")
df<- data.frame(SNP1, SNP2, SNP3)
colnames(df)<- c('rs10000438', 'rs10000500','rs1000055')我定义了一个数据函数，即dominant_dummy。当我运行密码时，我发现它出了问题。
Error in if (!check) { : argument is of length zero 调试时，我发现这里的参数x是一个dataframe，我需要使用函数levels(x)来检查x的级别，还需要赋值levels(x)<- c(0,1,1)，levels函数返回null。我的目的是根据条件将dataframe df 中的值转换为虚拟值。
SNP_lib<- NCBI_snp_query(names(x))
NCBI_snp_query(names(x))
SNP_min<- SNP_lib$Minor
SNP_name<- SNP_lib$Query
SNP_min ="A"
SNPs <- x
check<-substr(levels(SNPs)[2],1,1)==SNP_min我需要像dataframe一样将虚拟值赋值给这个levels(x)<- c(0,1,1)。我怎么能这么做？
library(rsnps)
dominant_dummy<- function(x){
SNP_lib<- NCBI_snp_query(names(x))
NCBI_snp_query(names(x))
SNP_min<- SNP_lib$Minor
SNP_name<- SNP_lib$Query
SNP_min ="A"
SNPs <- x
check<-substr(levels(SNPs)[2],1,1)==SNP_min
if(!check){
levels(SNPs)<-c(0,1,1)
SNPs<-as.numeric(as.character(SNP))
}else {levels(SNPs)<-c(1,1,0)
SNPs<-as.numeric(as.character(SNP))}
}
df_3levels<-sapply(1:ncol(df), function(i) dominant_dummy(df[,i, drop=FALSE]))回答 2
Stack Overflow用户
发布于 2017-08-22 05:32:56
无法检查数据帧上的级别。使用levels(SNPs[[1]])检查第一列的级别。但也有其他错误。
Stack Overflow用户
发布于 2017-08-23 22:11:18
通过对代码进行三次更改，我可以在没有错误消息的情况下执行它。最重要的变化是在最后一行。
SNP1 <- c("AA", "GG", "AG")
SNP2 <- c("AA", "CC", "AC")
SNP3 <- c("GG", "AA", "AG")
df <- data.frame(SNP1, SNP2, SNP3)
colnames(df) <- c('rs10000438', 'rs10000500', 'rs1000055')
library(rsnps)
dominant_dummy <- function(x) {
SNP_lib <- NCBI_snp_query(names(x))
NCBI_snp_query(names(x))
SNP_min <- SNP_lib$Minor
SNP_name <- SNP_lib$Query
SNP_min = "A"
SNPs <- x
check <- substr(levels(SNPs)[2], 1, 1) == SNP_min
if (!check) {
levels(SNPs) <- c(0, 1, 1)
SNPs <- as.numeric(as.character(SNPs)) # fixed
} else {
levels(SNPs) <- c(1, 1, 0)
SNPs <- as.numeric(as.character(SNPs)) # fixed
}
}
df_3levels <- sapply(df, dominant_dummy) # fixed
df_3levelsrs10000438 rs10000500 rs1000055 [1,] 1 1 0 [2,] 0 0 1 [3,] 1 1 1
请告诉我这是否是预期的结果。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/45809088
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