如何安装和使用github代码进行下一次基因测序数据分析？
如何安装和使用github代码进行下一次基因测序数据分析？
提问于 2017-09-10 01:02:42
来自VIP README.md文件：
安装
在机器上安装VIP的步骤如下：
> git clone https://github.com/keylabivdc/VIP
> cd VIP
> cd installer
> chmod 755 *
> sudo sh dependency_installer.sh
> sudo sh db_installer.sh -r [PATH]/[TO]/[DATABASE]，我能够做到这一点，我不知道如何完成剩下的步骤。
用法
Create default config file.
VIP.sh -z -i <NGSfile> -p <454/iontor/illumina> -f <fastq/fasta/bam/sam> -r <reference_path>
Please do not include any path information for the NGS file.
For example, Good for VIP.sh -z -i test.fq
Bad for VIP.sh -z -i [PATH]/test.fq
Run VIP with the config file:
VIP.sh -c <configfile> -i <NGSfile>
Run VIP with verification mode
VIP.sh -i <NGSfile> -v回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2017-09-12 14:49:55
运行程序似乎是一种迂回的方式，但可行。
您需要以他们指定的格式编写一个配置文件，这似乎就是您想要运行的命令。例如：
config.txt
VIP.sh -z -i <name_of_NGSfile> -p <454/iontor/illumina> -f <fastq/fasta/bam/sam> -r /path/to/your/reference/genome-p是使用的测序机(454，离子流，您的标准Illumina运行)，-f是输入文件格式，-r可能是FASTA格式中使用的参考基因组。
然后，您可以使用以下方法运行程序：
VIP.sh -c <configfile> -i <NGSfile>其中-c是配置文件的路径，-i是NGSfile的路径。
令人困惑的是，它似乎不希望配置文件中的输入文件的路径，而只是它的名称。不过，我觉得这应该能行。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/46136410
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