使用Biopython检索Swissprot条目的异构体序列？
使用Biopython检索Swissprot条目的异构体序列？
提问于 2017-10-07 15:33:12
如果我有一个有异构体的蛋白质，我想检索每一个蛋白质的序列，我该怎么做呢？
from Bio import ExPASy
from Bio import SwissProt
accessions = ["Q16620"]
handle = ExPASy.get_sprot_raw(accessions)
record = SwissProt.read(handle)这个例子将从biopython教程中检索第一个带有record.sequence的异构体序列。
我发现，简单地以uniprot["Q16620-1", "Q16620-2", "Q16620-3", ...]上列出的异构体条目的形式来迭代的访问列表是行不通的。
回答 1
Stack Overflow用户
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发布于 2017-10-08 09:00:32
您可以使用EBML的蛋白质API和几行Python代码。
这将只将序列作为字符串提供，而不是作为成熟的BioPython对象。
import requests
import xml.etree.ElementTree as ET
accession = "Q16620"
# a dictionary storing the sequence of your isoforms, key: accesion number, value: sequence
isoforms = dict()
# make a call to EBI API
r = requests.get('https://www.ebi.ac.uk/proteins/api/proteins/{}/isoforms'.format(accession))
# parse the returned XML
uniprot = ET.fromstring(r.text)
for isoform in uniprot:
# get the sequence
seq = isoform.find('{http://uniprot.org/uniprot}sequence')
# get the accession number
iso_accession = isoform.find('{http://uniprot.org/uniprot}accession')
# add the values to the dictionary
if seq.text and iso_accession.text:
isoforms[iso_accession.text] = seq.text页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/46621982
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