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问把SeqIO字典写成Fasta文件
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Stack Overflow用户

提问于 2017-10-27 20:11:49

回答 1查看 1.4K关注 0票数 3

最初，我将fasta序列转换为带有Bio.SeqIO.to_dict语句的字典。我想把一本副词字典写回fasta文件。

Test是一个python字典，其中fasta头作为键，序列作为索引。

我的代码试图利用SeqIO.write：

with open("example.fasta", "w") as handle:
SeqIO.write(test, handle, "fasta")

AttributeError: 'str' object has no attribute 'id'

我担心，通过将SeqIO生成器对象转换为字典，我无法轻松返回到其他SeqIO函数所期望的输入。

回答已采纳

发布于 2017-10-27 20:58:32

我解决了这个问题。即使使用SeqIO.to_dict转换，字典的值也是原始生成器类。要将此字典写回Fasta，只需调用字典的值即可。

with open("example.fasta", "w") as handle:
    SeqIO.write(test.values(), handle, "fasta")

票数 2

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原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/46982713

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