Amazon深度学习EC2实例上的EC2 R包
Amazon深度学习EC2实例上的EC2 R包
提问于 2017-11-14 20:19:55
我正在尝试使用MXNet和R设置Amazon实例(以及可用的MXNet r包)。不幸的是，这比我预期的要困难得多。
我尝试遵循MXNet的说明，使用亚马逊在p2.xlarge (started/install.html)上使用CUDA8.0的深度学习急性心肌梗死。
但是，当我试图从这个SO post编译mxnet r包时，也会遇到同样的错误：
Issues installing mxnet GPU R package for Amazon deep learning AMI
在那篇文章中讨论的解决方案在某种程度上超出了我完全测试/调试的能力。也就是说，我不太熟悉linux环境变量和修改之类的内容。我还回顾了apache孵化器github为MXnet提出的一些问题，这些问题也是毫无帮助的。
所以我的问题是，
- 是否有人知道有任何可用的AMI与R和MXNet一起预先包装？我看到的似乎只包括蟒蛇。
- 是否有一组指令(或脚本)可以在Amazon EC2实例上运行，以安装所需的依赖项(假设我使用的是某种类型的深度学习AMI，至少是CUDA 8.0附带的)来安装MXnet R包？
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2017-11-18 04:56:44
是的，所以我是另一个岗位上的人，我终于让它发挥作用了。花了50+几个小时，我不确定问题出在哪里，because...linux。
sudo yum install R
sudo yum install libxml2-devel
sudo yum install cairo-devel
sudo yum install giflib-devel
sudo yum install libXt-devel
sudo R
install.packages("devtools")
library(devtools)
install_github("igraph/rigraph")
install.packages(c(“DiagrammeR”, “roxygen2”, “rgexf”, “influenceR”, “Cairo”, “imager”))
cd
cd /src/mxnet
cp make/config.mk .
echo "USE_BLAS=openblas" >>config.mk
echo "ADD_CFLAGS += -I/usr/include/openblas" >>config.mk
echo "ADD_LDFLAGS += /usr/local/lib" >>config.mk
echo "USE_CUDA=1" >>config.mk
echo "USE_CUDA_PATH=/usr/local/cuda-9.0/lib64" >>config.mk
echo "USE_CUDNN=1" >>config.mk
*add another LD flag for /usr/local/lib
cd /etc/ld.so.conf.d/
sudo nano cuda.conf
Insert /usr/local/cuda-9.0/lib64
cd
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-9.0/lib64/:$LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib/:$LD_LIBRARY_PATH
sudo ldconfig
cd R-package
Rscript -e "install.packages('devtools', repo = 'https://cran.rstudio.com')"
Rscript -e "library(devtools); library(methods);options(repos=c(CRAN='https://cran.rstudio.com'));install_deps(dependencies = TRUE)"
cd ..
sudo make rpkg然后，您必须确保R/Rstudio能够真正找到以下库：
cd /etc/rstudio
sudo nano rserver.conf您可以向服务器配置文件中添加一个rsession库路径条目，从而将元素添加到R会话的默认LD_LIBRARY_PATH (由ldpaths脚本确定)。这可能有助于确保包可以定位未安装在系统标准库路径中的外部库依赖项。例如：
rsession-ld-library-path=/opt/local/lib:/usr/local/cuda/lib64页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/47294512
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