Snakemake:如何有效地使用配置文件
Snakemake:如何有效地使用配置文件
提问于 2018-05-02 15:21:21
我在snakemake中使用以下配置文件格式进行一些排序分析实践(我有大量样本，每个样本包含2个fastq文件：
samples:
Sample1_XY:
- fastq_files/SRR4356728_1.fastq.gz
- fastq_files/SRR4356728_2.fastq.gz
Sample2_AB:
- fastq_files/SRR6257171_1.fastq.gz
- fastq_files/SRR6257171_2.fastq.gz 我在管道开始时使用以下规则来运行fastqc和对fastqc文件：
import os
# read config info into this namespace
configfile: "config.yaml"
rule all:
input:
expand("FastQC/{sample}_fastqc.zip", sample=config["samples"]),
expand("bam_files/{sample}.bam", sample=config["samples"]),
"FastQC/fastq_multiqc.html"
rule fastqc:
input:
sample=lambda wildcards: config['samples'][wildcards.sample]
output:
# Output needs to end in '_fastqc.html' for multiqc to work
html="FastQC/{sample}_fastqc.html",
zip="FastQC/{sample}_fastqc.zip"
params: ""
wrapper:
"0.21.0/bio/fastqc"
rule bowtie2:
input:
sample=lambda wildcards: config['samples'][wildcards.sample]
output:
"bam_files/{sample}.bam"
log:
"logs/bowtie2/{sample}.txt"
params:
index=config["index"], # prefix of reference genome index (built with bowtie2-build),
extra=""
threads: 8
wrapper:
"0.21.0/bio/bowtie2/align"
rule multiqc_fastq:
input:
expand("FastQC/{sample}_fastqc.html", sample=config["samples"])
output:
"FastQC/fastq_multiqc.html"
params:
log:
"logs/multiqc.log"
wrapper:
"0.21.0/bio/multiqc"我的问题是fastqc规则。
目前，fastqc规则和bowtie2规则都创建了一个使用两个输入SRRXXXXXXX_1.fastq.gz和SRRXXXXXXX_2.fastq.gz生成的输出文件。
我需要fastq规则来生成两个文件，每个fastq.gz文件都有一个单独的文件，但是我不知道如何从fastqc规则输入语句中正确地索引配置文件，或者如何组合展开和通配符命令来解决这个问题。通过将[0]或[1]添加到输入语句的末尾，我可以获得一个单独的fastq文件，但不能单独/单独运行。
我一直在试图获得正确的索引格式来分别访问每个文件。当前格式是我管理的唯一允许snakemake -np生成作业列表的格式。
任何提示都将不胜感激。
回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2018-05-03 16:21:35
似乎每个示例都有两个fastq文件，它们以***_1.fastq.gz和***_2.fastq.gz格式命名。在这种情况下，下面的配置和代码将起作用。
config.yaml：
samples:
Sample_A: fastq_files/SRR4356728
Sample_B: fastq_files/SRR6257171蛇形：
# read config info into this namespace
configfile: "config.yaml"
print (config['samples'])
rule all:
input:
expand("FastQC/{sample}_{num}_fastqc.zip", sample=config["samples"], num=['1', '2']),
expand("bam_files/{sample}.bam", sample=config["samples"]),
"FastQC/fastq_multiqc.html"
rule fastqc:
input:
sample=lambda wildcards: f"{config['samples'][wildcards.sample]}_{wildcards.num}.fastq.gz"
output:
# Output needs to end in '_fastqc.html' for multiqc to work
html="FastQC/{sample}_{num}_fastqc.html",
zip="FastQC/{sample}_{num}_fastqc.zip"
wrapper:
"0.21.0/bio/fastqc"
rule bowtie2:
input:
sample=lambda wildcards: expand(f"{config['samples'][wildcards.sample]}_{{num}}.fastq.gz", num=[1,2])
output:
"bam_files/{sample}.bam"
wrapper:
"0.21.0/bio/bowtie2/align"
rule multiqc_fastq:
input:
expand("FastQC/{sample}_{num}_fastqc.html", sample=config["samples"], num=['1', '2'])
output:
"FastQC/fastq_multiqc.html"
wrapper:
"0.21.0/bio/multiqc"页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/50138171
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