如何根据文件中的行号提取特定行
如何根据文件中的行号提取特定行
提问于 2018-05-16 07:15:48
我正在研究一个由大约24000行(基因)和1100个列(样本)组成的RNA数据集，该数据集是由制表符分开的。为了进行分析，我需要选择一个特定的基因。如果有一种基于行号的行提取方法，这将是非常有帮助的？那样对我来说比用基因的名字容易多了。
下面是数据(4X4)的一个示例-
目的基因亚型 A1BG AURKA /AURKA/AURKA AURKB
例如，我想要行1，3 and4，而不需要特定的模式。
我也在biostars.org上询问过。
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2018-05-16 09:05:25
假设您有一个文件，或者一个生成所需行号列表的程序，您可以使用sed编辑该文件，使其成为打印这些行并将其传递给第二次调用sed的脚本。
具体而言，假设您有一个名为lines的文件，该文件显示您需要哪些行(或者它同样可以是一个在其stdout上生成行的程序)：
1
3
4您可以将其转换为这样的sed脚本：
sed 's/$/p/' lines
1p
3p
4p现在，您可以将它传递给另一个sed，作为执行的命令：
sed -n -f <(sed 's/$/p/' lines) FileYouWantLinesFrom这具有独立于可以传递给脚本的最大参数长度的优点，因为sed命令位于伪文件中，即不作为参数传递。
如果您不喜欢/使用bash和进程替换，您可以这样做：
sed 's/$/p/' lines | sed -n -f /dev/stdin FileYouWantLinesFrom页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/50364556
复制相关文章
相似问题
腾讯云开发者
