如何将KEGG过度表示法测试的热图的X轴转换为显示基因符号而不是基因entrez？
如何将KEGG过度表示法测试的热图的X轴转换为显示基因符号而不是基因entrez？
提问于 2018-06-12 16:55:57
我刚开始编码R(和一般的编程)，最近我把它作为我工作的一项要求。我的实验室正在使用一个叫做"clusterProfiler“的R包来分析在我们的组织样本中发现的几种蛋白质。使用下面的代码，我成功地在一个名为“geneList”的样本数据集上运行了一个基因本体过度表示测试，并创建了一个选择基因参与的生物过程的热图。这一程序的代码如下：
devtools::install_github(
c("guangchuangyu/enrichplot",
"guangchuangyu/DOSE",
"guangchuangyu/clusterProfiler",
"guangchuangyu/ChIPseeker"))
library(DOSE)
library(enrichplot)
library(clusterProfiler)
data(geneList)
de <- names(geneList)[abs(geneList) > 2]
ego <- enrichGO(de,
OrgDb = "org.Hs.eg.db",
ont="BP",
readable=TRUE)
ego2 <- simplify(ego)
heatplot(ego, foldChange=geneList)这种方法产生一个热图，显示沿Y轴的生物过程和沿着X轴的基因符号列表(例如，"angiogenin“在X轴上显示为"ANG”)。
我遇到的问题是，当我对相同的数据运行KEGG过度表示测试，并试图创建结果的热图时，X轴不显示基因符号，而是基因请求ID(这是一个数字序列)。下面是KEGG过度表示测试和随后的热图的代码：
data(geneList)
gene <- names(geneList)[abs(geneList) > 2]
kk <- enrichKEGG(gene = gene,
organism = 'hsa')
heatplot(kk, foldChange = geneList)
，我的问题是：，如何将KEGG过度表示测试的热图的X轴转换为显示基因符号而不是基因请求ID？
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2019-02-02 09:58:22
您可以使用setRedable方法简单地将follows转换为基因符号，如下所示：
new_ego <- setReadable(ego, 'org.Hs.eg.db', 'ENTREZID', keyType ="SYMBOL")
heatplot(new_ego, foldChange = geneList)希望它能帮到你。
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