如何循环遍历列表并在bash / awk中作为变量传递
如何循环遍历列表并在bash / awk中作为变量传递
提问于 2018-06-19 20:20:03
更新问题：
我有一个config.file，在其中我定义了几个变量，这些变量最终在不同的脚本中被调用。
$cat config.file
#1 Accession number ref
ref=L41223.2
#2 Accession number SRA
SRA=SRA7361534
#3 Path to SRA
path_SRA='/Volumes/5TB/sra/'
#4 Path to ref
path_ref='/Volumes/5TB/results/species1/'#3 (通向SRA的路径)是不变的，永远不会改变。对于其他变量($ref、$sra和$path_ref)，我想从input.file的不同字段逐个阅读它们。
$cat input.file
species1 L41223.2 SRA7361534
species2 D45023.5 SRA9473231
species3 L42823.6 SRA0918881
...所有这些变量在script.sh中都会被多次调用
#!/bin/bash
# Path to the configuration file
. /Users/Main/config.file
# Use NCBI's e-utilities to download reference files
esearch -db nucleotide -query $ref | efetch -format fasta > $path_ref$ref.fasta
# Using NCBI's sratoolkit to download SRA file
prefetch $SRA
cd $path_SRA
mv *.sra $path_ref
# Decompress the SRA file
cd $path_ref; if fastq-dump --split-3 $SRA.sra ; then
echo "SRA file successfully decompressed. Deleting the SRA file now..."
rm $SRA.sra
else
echo "Could not decompress SRA file"
fi
# Use bwa to align DNA reads to the reference sequence
cd $path_ref;
bwa index -p INDEX $ref.fasta
bwa aln -t $core INDEX *_1.fastq > 1.sai
bwa aln -t $core INDEX *_2.fastq > 2.sai
bwa sampe INDEX 1.sai 2.sai *_1.fastq *_2.fastq | samtools view -hq 5 > $SRA.Q5.sam
# Use samtools for conversion
samtools view -bT $ref.fasta $SRA.Q5.sam > $SRA.Q5.bam
samtools sort $SRA.Q5.bam -o $SRA.sorted
# use bedtools for coverage
bedtools genomecov -d -ibam $SRA.sorted.bam > $SRA.gencov.txt
# use awk for extraction
awk '$2 ~ /81|161|97|145/ {print $0}' $SRA.Q5.sam > $SRA.OTW.sam
samtools view -bT $ref.fasta $SRA.OTW.sam > $SRA.OTW.bam
samtools sort $SRA.OTW.bam -o $SRA.OTW.sorted.bam
# Extract FLAG, POS, CIGAR and TLEN for outward-oriented reads
awk '$2 ~ /81|161|97|145/ {print $2, $4, $6, $9}' $SRA.Q5.sam > $SRA.OTW.txt
# Get per-base coverage for outward-oriented reads
bedtools genomecov -d -ibam $SRA.OTW.sorted.bam > $SRA.OTW.gencoverage.txt
# Simplify the output by averaging read coverage over 50 bp window; prints the average count value and last genomic position
awk '{sum+=$3; count++} FNR % 50 == 0 {print $2, (sum/count); count=sum = ""}' $SRA.OTW.gencoverage.txt > $SRA.OTW.50sum.txt
#### End of the script我想要做的是“阅读”从input.file到config.file。第一个字段(species1.)将用作$path_ref的输入，字段2(L 41223.2.)将用作$ref和第三个字段(SRA7361534.)的输入。将用作$SRA变量的输入。一旦完成了第一轮(基本上是第一行)，script.sh将再次运行，并从第2行读取字段1、2和3等等。基本上是一个循环，但比下面的答案要复杂一些，因为在脚本中不同的位置调用了不同的变量。
这对于一个变量来说很好，但是我无法用三个不同的变量来实现它，这些变量在整个脚本中被调用：
while read -r c1 c2 c3; do
bwa index -p INDEX ${c2}.fasta
# place rest of your script here
done < input.file在此之前，非常感谢您。
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2018-09-20 15:01:37
在script.sh中，在行. /Users/Main/config.file之后添加以下行：
number_of_inputs=$(wc -l < input.file)
for (( i=1 ; i <= number_of_inputs ; i++ )); do
# extract columns $1, $2, $3 here, from line $i - please change appropriately
ref=$( awk "NR==$i{print \$1}" input.file)
SRA=$( awk "NR==$i{print \$2}" input.file)
path_ref=$(awk "NR==$i{print \$3}" input.file)然后在文件的末尾添加一个done，所以整个事情循环到input.file的每一行中的值上，相应地设置值。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/50936328
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