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社区首页 >问答首页 >是否可以用python/biopython来分析免疫球蛋白(Ig)序列？

问是否可以用python/biopython来分析免疫球蛋白(Ig)序列？
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Stack Overflow用户

提问于 2018-11-03 14:37:26

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我刚读过python/biopython，并尝试过使用以下的biopython进行爆炸：

from Bio.Blast import NCBIWWW
    fasta_string = open("C:\\xxxx\\xxxx\\xxxx\\abc.fasta").read()
    result_handle = NCBIWWW.qblast("blastp", "nr", fasta_string)
    print result_handle.read()

我想知道是否可以使用biopython运行火成岩。我已经找过了，但似乎没有人真的这么做。

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回答 1

Stack Overflow用户

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发布于 2018-11-05 08:42:49

我没有试过，但我发现：

肺母细胞。

PyIgBlast -开源分析器调用IgBlast并解析高通量测序的结果.使用Python多处理来绕过IgBlast多线程处理的瓶颈。分析blast输出到分隔文件(csv、json)，以便上传到数据库。可以直接连接mysql和mongo实例直接插入。

代码使用Python2.7和BioPython。

PyIR

免疫球蛋白与T细胞受体重排软件。一个用于IgBLAST的Python包装器，它可以在共享内存计算机上并行处理数百万次读取。所有输出都以方便的JSON格式存储。

代码使用Python3.6和BioPython。

这两个工具都使用本地安装的igblastn可执行文件。您可以使用igblastn在本地安装conda install igblast。

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原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/53132342

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