RSeQC clipping_profiles上的multiqc
RSeQC clipping_profiles上的multiqc
提问于 2018-11-12 10:29:08
以下snakemake代码无法生成multiqc输出，尽管它适用于其他RSeQC工具，包括geneBody_coverage、junction_saturation和read_distribution (为了清晰起见，此处删除)
rule rseqc_cliping_profile:
"""
Run RSeQC on merged bam files
"""
input:
bam = "results/mappings/{smp}_mappings.bam"
output:
pdf3 = "results/rseqc2/{smp}.clipping_profile.R1.pdf",
pdf4 = "results/rseqc2/{smp}.clipping_profile.R2.pdf",
xls = "results/rseqc2/{smp}.clipping_profile.xls"
shell: """
mkdir -p intermediate/rseqc2
# Run clipping_profile.py
clipping_profile.py -i {input.bam} \
-q 30 \
-s PE \
-o intermediate/rseqc2/{wildcards.smp} \
&& cp -f intermediate/rseqc2/{wildcards.smp}.clipping_profile.R1.pdf {output.pdf3} \
&& cp -f intermediate/rseqc2/{wildcards.smp}.clipping_profile.R2.pdf {output.pdf4} \
&& cp -f intermediate/rseqc2/{wildcards.smp}.clipping_profile.xls {output.xls}
"""知道我做错了什么吗？
中间/rseqc2 2中的结果是同类的(仅在这里使用S12)：
S12.clipping_profile.r
S12.clipping_profile.R1.pdf
S12.clipping_profile.R2.pdf
S12.clipping_profile.xls
multiqc -f -i "RSeQC" -o intermediate/multiqc_rseqc2 -n multiqc_rseqc2 intermediate/rseqc2
[INFO ] multiqc : This is MultiQC v1.6
[INFO ] multiqc : Template : default
[INFO ] multiqc : Report title: RSeQC
[INFO ] multiqc : Searching 'intermediate/rseqc2'
[WARNING] multiqc : No analysis results found. Cleaning up..
[INFO ] multiqc : MultiQC complete这不是蛇形的问题！
虽然clipping_profile在我的multiqc配置yaml中，但它似乎不适合找到用于绘图的clipping_profile数据。
xls文件实际上是伪装的tsv文件；将它们重命名为.txt或.tsv并不能提高几率。
回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2018-11-14 23:11:25
关于MultiQC支持的RSeQC文档表明MultiQC不支持该特定工具(clipping_profile)，但它确实支持您提到的其他工具。
页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/53260236
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