R:更新R或RStudio后软件包的更新或安装中的许多问题
R:更新R或RStudio后软件包的更新或安装中的许多问题
提问于 2018-12-23 00:00:16
当我做R或RStudio更新时，我遇到了一连串的问题。在更新之后的几个会话中，我得到了关于这些问题的。这个信息很明显吗？如果没有，我该如何诊断？
问题的形式如下：
- 出现在我的R库中的包会导致错误。最常见的是
tidyverse包。 - 没有安装tidyverse的某些依赖项，特别是
stringi。类似的问题在Hmisc中出现的频率较低。 - 包已正确下载，但我收到一个错误，说明无法删除旧版本。如果我移除手动显示的软件包并单独安装，这些错误就消失了。
- 如果我尝试用
tidyverse更新tidyverse_update，我也会遇到类似的问题，例如： Tidyverse：：tidyverse_update(递归=真)loadNamespace中的错误(j <- i[1L]，c(lib.loc，.libPaths()，versionCheck =vI[j]))：没有名为“readr”的包
这一点，尽管重新读取器包实际上是存在的。
- 我刚才收到了一条新的错误消息，它是关于试图单独安装readr的： Install.packages中的警告: lzma解码结果install.packages中的10条警告:无法访问存储库的索引https://cran.case.edu/bin/windows/contrib/3.5：行启动'Pac .‘是畸形的！
再试一次：
Error in install.packages : invalid version specification ‘NA’我通常从update.packages(ask=FALSE)开始一个会话。我已经将RStudio设置为始终以管理员身份运行。如果被问到，我通常是从二进制文件而不是源代码安装的。
我使用以下功能安装和加载软件包组：
# Install packages (if not already installed)
in_packs <- function(packs){
new_packs <- packs[!(packs %in% installed.packages()[,"Package"])]
if(length(new_packs) < 1) print("Already installed.") else {
install.packages(new_packs, dependencies = TRUE, # move to fairR_fns
repos=c("https://cran.case.edu/",
"https://cran.rstudio.com"))
# Load packages (if not already installed)
load_pks <- function(pks){
invisible(sapply(X = pks[seq_along(pks)], FUN = library, character.only = TRUE))
}这是我的会话信息。
R version 3.5.1 (2018-07-02)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)
Matrix products: default
locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252
[2] LC_CTYPE=English_United States.1252
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C
[5] LC_TIME=English_United States.1252
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
loaded via a namespace (and not attached):
[1] Rcpp_1.0.0 lubridate_1.7.4 lattice_0.20-38 tidyr_0.8.2
[5] assertthat_0.2.0 digest_0.6.18 R6_2.3.0 plyr_1.8.4
[9] backports_1.1.3 httr_1.4.0 ggplot2_3.1.0 pillar_1.3.1
[13] rlang_0.3.0.1 lazyeval_0.2.1 stringr_1.3.1 munsell_0.5.0
[17] broom_0.5.1 compiler_3.5.1 modelr_0.1.2 pkgconfig_2.0.2
[21] tidyselect_0.2.5 tibble_1.4.2 crayon_1.3.4 dplyr_0.7.8
[25] grid_3.5.1 nlme_3.1-137 jsonlite_1.6 gtable_0.2.0
[29] magrittr_1.5 scales_1.0.0 cli_1.0.1 stringi_1.2.4
[33] bindrcpp_0.2.2 generics_0.0.2 tools_3.5.1 forcats_0.3.0
[37] glue_1.3.0 purrr_0.2.5 hms_0.4.2 yaml_2.2.0
[41] colorspace_1.3-2 memoise_1.1.0 bindr_0.1.1 haven_2.0.0 回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2019-02-02 17:07:55
我发现，如果我这样做的话，这些问题中的大多数-尽管不是全部-消失了：
- 确保我只有一个R实例。
- 将设置为R和RStudio以作为管理员运行。
这有点棘手，因为我正在运行的R的实例化通常由RStudio打开，而不是由我打开。对于RStudio和R，右键单击快捷方式，无论是在桌面上还是在开始菜单上。在快捷方式选项卡上，选择“高级”。然后选中以管理员身份运行的复选框。我也允许程序文件中的R目录被其他程序修改，尽管我不确定这是必要的。右键单击“属性”、“安全性”选项卡、选择“所有应用程序包”、单击“编辑”、“检查完全控制”。
- 将R文件夹本身及其所有子文件夹设置为shared。(请注意，如果您在共享机器上，这会造成安全风险)。右击R目录--通常是在“我的文档”文件夹中，而不是在程序文件中--然后在“共享”选项卡下点击“共享”。
在完成这些任务时仍然存在的问题中，大部分似乎是由存储库副本的问题引起的，通常是短期的。这些问题不仅会干扰损坏的包(或任何其他)包，而且会干扰其依赖关系。手动删除问题包的文件夹，重新启动R，并在加载任何包之前切换到不同的存储库。然后照常安装
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/53900192
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