问如何沉默写入终端/文件的特定消息(当通过bash脚本调用“Rscript”时)

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我正在编写一个bash脚本(在Linux系统上从终端调用)，它在使用一些简单的用户输入启动“rscript”之前创建一个日志文件。然而，我在控制日志文件(或发送到终端)中包含了哪些消息时遇到了问题，并且无法找到任何解决方案来排除一个特定的R包加载消息：

包装WGCNA 1.66装载。

换句话说，我需要一种(仅)沉默这个特定消息的方法，它是在WGCNA包成功加载时打印出来的。

我将尽量保持代码的非特定性，希望能够使代码更容易理解。

下面的块是一个框架(不包括一些不相关的代码)，然后是我尝试过的一些不同的变体。首先，我尝试使用接收器()和suppressPackageStartupMessages()控制R脚本的输出，我认为这已经足够了。

bash脚本

#!/usr/bin/env bash

read RDS
DATE=`date +%F-%R`
LOG=~/path/log/$DATE.log
touch $LOG
export ALLOW_WGCNA_THREADS=4
Rscript ~/path/analysis.R $RDS $DATE $LOG

R脚本

#!/usr/bin R

# object set-up
rds.path <- "~/path/data/"
temp.path <- "~/path/temp/"
pp.data <- readRDS(paste0(rds.path, commandArgs(T)[1]))
file.date <- paste0(commandArgs(T)[2], "_")

# set up error logging
log.file <- file(commandArgs(T)[3], open="a")
sink(log.file, append=TRUE, type="message")
sink(log.file, append=TRUE, type="output")

# main pkg call
if(suppressPackageStartupMessages(!require(thePKG))){
  stop("\nPlease follow the below link to install the requested package (thePKG) with relevant dependencies\n https://link.address")
}

# thePKG method call
cat("> Running "method"\n", append=TRUE)
module <- method(thePKG_input = pp.data, ppi_network = ppi_network)

# reset sink and close file connection
sink(type="message")
sink(type="output")
close(log.file)

这不会向终端输出任何内容(这很好)，包括日志文件中的以下内容：

包WGCNA 1.66装载.运行“方法” 错误:添加错误以验证它是否正确地打印到文件中

我想保持我的日志文件尽可能干净和点(并避免在终端中的杂乱)，并为此希望删除包加载消息。我试过以下方法..。

i.省略R脚本中的接收器()调用，并添加

&>> $LOG

去打“Rscript”的电话。产生与上面相同的文件输出。

ii.与i相同，但将suppressPackageStartupMessages()替换为suppressMessages()，这将产生与上面相同的文件输出。

iii.与i相同，但添加了

... require(thePKG, quietly=TRUE)

在R脚本#主pkg调用中，结果相同。

在这些地方，我找到了可能的解决方案，并尝试了不同的变化，但没有取得积极的结果。

我还想知道WGCNA包是否在thePKG的！require循环的“外部”加载，因为它不受该调用的suppressMessages()的影响。但是，在if-require(thePKG)-call之前引入一个有意的错误(它终止了进程)删除了消息--在循环中提示消息的启动。我还尝试在R脚本开始时单独调用WGCNA，并在其中添加了一个suppressMessages()，但这也不起作用。bash脚本中使用的导出函数不会影响结果(据我所知)，并且删除它将加载消息扩展到包括以下内容(截断以节省空间)：

包装WGCNA 1.66装载。 注意:您的系统似乎支持多线程，但在R中的WGCNA中没有启用它。 若要允许在WGCNA中使用所有可用内核的多线程，请使用R中的allowWGCNAThreads()在必要时使用disableWGCNAThreads()来禁用线程。 (...)

我知道我可以将输出(仅)发送到/dev/null，但是还有其他输出打印到我仍然想要的文件中(例如>运行“方法”)。

有人对如何删除这条消息有建议吗？我对R编程非常陌生，刚开始使用Linux (Ubuntu )，所以在回答时请记住这一点。

提前谢谢。