在系统发育中如何从节点路径中识别边缘数？
在系统发育中如何从节点路径中识别边缘数？
提问于 2019-04-26 18:44:24
我试图识别系统发育树中由一对节点分隔的边缘数。例如，假设内部分支1由节点22和23绑定。当然，这可以用nodelabels()和edgelabels()在视觉上完成，但是我正在用数千条提示进行系统发育，因此需要一种自动化的方法。
是否有命令将节点号与边缘号匹配？
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2019-05-08 00:56:32
可以将存储在phylo对象中的边缘表作为$edge使用。
## A random tree
tree <- rtree(5)
tree$edge
# [,1] [,2]
#[1,] 6 7
#[2,] 7 1
#[3,] 7 2
#[4,] 6 8
#[5,] 8 3
#[6,] 8 9
#[7,] 9 4
#[8,] 9 5读取这些表的方法是:行号是边号(您想要的是什么)，第一列是父节点，第二列是子提示/节点：
## The edge table
edge_table <- tree$edge
rownames(edge_table) <- paste("edge", 1:nrow(edge_table), sep = ""))
colnames(edge_table) <- c("parent", "child")
edge_table
# parent child
#edge1 6 7
#edge2 7 1
#edge3 7 2
#edge4 6 8
#edge5 8 3
#edge6 8 9
#edge7 9 4
#edge8 9 5节点/提示1到5 (Ntip(tree))是提示，然后，6是到达Ntip(tree) + Nnode(tree)的第一个节点(例如根)。
若要根据节点选择任何边缘，可以运行以下命令：
## Getting the nodes of interest
nodes_of_interest <- c(6, 7, 8)
## Getting the edges connecting to the nodes
edge_parent <- rownames(edge_table)[edge_table[,1] %in% nodes_of_interest]
edge_child <- rownames(edge_table)[edge_table[,2] %in% nodes_of_interest]这当然可以推广到任何树的大小(例如8000+)，因为所有的边缘属性都是自动的。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/55873364
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