根据来自另一列的指令更改列中的字符
根据来自另一列的指令更改列中的字符
提问于 2018-01-01 19:13:03
我正在尝试设置一个脚本，它将根据我在NGS数据中找到的变体将密码子序列转换为另一个密码子序列。
目前，我的脚本创建了一个由制表符分隔的输出文件，包含6列.每一栏代表以下内容：
- 第一:基因组位置
- 2:核苷酸碱基
- 第三:密码子
- 第四，密码子中基因组的位置顺序。
- 5: SNP频率
- 6: SNP基地
输出数据如下所示：
2289 G GTG 3 0.0346505 A
2478 G ATG 2 0.0054087 C是否可以在输出文件中设置第7列，根据第4列的数字将密码子的核苷酸序列更改为SNP核苷酸(第6列)？
例如,
- 基因组位置2289：
密码子GTG将成为GTA。SNP核苷酸A取代密码子中的第3核苷酸序列，密码子序列顺序在第4列中指定。
- 基因组位置2478
密码子ATG将成为ACG。SNP核苷酸C取代密码子中的第二核苷酸序列。
是否可以使用awk或sed来做到这一点？
回答 5
Unix & Linux用户
回答已采纳
发布于 2018-01-01 19:52:44
对“有可能.”的问题，只回答“是”是很诱人的。
像这样的东西会起作用吗？
awk '{l=substr($3,1,$4-1); r=substr($3,$4+1); print $0"\t"l $6 r}' genome > mutatedUnix & Linux用户
发布于 2018-01-01 22:28:09
Perl解决方案：
perl -lane 'substr $n = $F[2], $F[3] - 1, 1, $F[5]; print join "\t", $_, $n' -- file-n逐行读取输入-l从输入中删除新行并将它们添加到打印s-a将空格上的每一行拆分为@F数组- 详细信息请参见底座
Unix & Linux用户
发布于 2018-01-01 22:51:06
通过一些perl分裂和连接：
perl -alne '
@c = split //, $F[2];
splice @c, $F[3]-1, 1, $F[5];
print join "\t", @F, join "", @c;
' data解释：
- split 3rd column into character array @c
- replace the value indexed by the 4th column with that of the 6th
- stitch it all back together, delimited by tabs测试-给定
$ cat data
2289 G GTG 3 0.0346505 A
2478 G ATG 2 0.0054087 C然后
$ perl -alne '
@c = split //,$F[2]; splice @c,$F[3]-1,1,$F[5]; print join "\t",@F,join "",@c
' data
2289 G GTG 3 0.0346505 A GTA
2478 G ATG 2 0.0054087 C ACG页面原文内容由Unix & Linux提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://unix.stackexchange.com/questions/414173
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