如何将两个gz文件合并为具有特定名称的新输出文件
如何将两个gz文件合并为具有特定名称的新输出文件
提问于 2018-04-25 15:01:27
我从24个样本中读取了96个*fastqc.gz原始文件。每对样品分别在两根羊皮上进行测序。
我希望将来自两个车道的每一对读取合并为一个输出文件，其中包含来自示例文件名(2271_merged_R1_001.fastq.gz)的同名标识符。
File names are in this order:
22[71-94]*R[1-2]_001.fastq.gz;
**2271**_ID890_1_S1_L001_**R1_001.fastq.gz**
**2271**_ID890_1_S1_L002_**R1_001.fastq.gz**
**2271**_ID890_1_S1_L001_**R2_001.fastq.gz**
**2271**_ID890_1_S1_L002_**R2_001.fastq.gz**我尝试了下面的简短脚本，但是只生成了两个输出文件(第一个和最后一个)。
对于R1文件
for rf in 22[71-94]*R1_001.fastq.gz; do zcat $rf > 22"${71-94}"_merged_R1_001.fastq.gz ; done对于R2文件
for rf in 22[71-94]*R2_001.fastq.gz; do zcat $rf > 22"${71-94}"_merged_R2_001.fastq.gz ; done我的问题是: 1.为什么只生成两个输出文件? 2.输出文件中的读取数不是来自两个通道的合并文件的总和。3.有一个好的方法吗?我可以一步合并两条车道的读取(R1和R2)，而不是对每种读取类型运行两次。
密码出了什么问题？如何验证输出文件是否已完全合并？
谢谢
回答 1
Unix & Linux用户
发布于 2018-04-25 16:02:09
首先，22[71-94]*R1_001.fastq.gz没有扩展到您认为它扩展到的
这是有效的22[1-9]*R1_001.fastq.gz -在这个，是一个字符分组，其中"7或1至9或4“简化为"1至9”。
22{71..94}*R1_001.fastq.gz很可能是您所寻找的扩展，但是您的循环将对找到的每个文件执行一次zcat，而不是将所有内容连接在一起。实际上，每个R1文件都会顺序地将zcat-ed放入同一个外部文件中，从而覆盖前面的写操作。
我相信这就是你所要寻找的假设(见下文)：
for num in {71..94}; do zcat 22"$num"*R1_{L001,L002}.fastq.gz > "22${num}_merged_R1_001.fastq" ; done假设：您希望解压缩结果，因此我从结果文件中删除了.gz (如Patrick指出的那样)，如果不是这样的话，只需将zcat更改为cat并将.gz追加到结果文件。
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原文链接：
https://unix.stackexchange.com/questions/440009
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