问nohup:忽略输入并将输出附加到“nohup.out”

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$ type -a nohup
nohup is /usr/bin/nohup

Nohup不是shell语法的一部分。它只是一个可执行文件，这意味着您不能只键入任意命令并在其前缀加上nohup以期望它在忽略SIGHUP的情况下执行。在以下情况下

nohup conda activate shuffle_pair_end_reads && python3 shuffle_pair_end_reads.py \
    fastp-filtered-merged4racon/merge_R1.fq.gz \
    fastp-filtered-merged4racon/merge_R2.fq.gz \
    >fastp-filtered-merged4racon/merged_R1_R2.fa \
    2>merged_R1_R2.log &

nohup使用参数conda、activate和shuffle_pair_end_reads执行。第一个&&之后的所有内容都是另一个简单的命令。nohup对此一无所知，无法控制它的行为。

在编写时，它意味着在忽略了conda activate shuffle_pair_end_reads的情况下执行SIGHUP，如果nohup成功，则处理到python脚本。

至于stdin和stdout的重定向，手册页已经清楚地说明了这一点。

如果标准输入是终端，请将其从/dev/null重定向。如果标准输出是终端，如果可能的话，将输出附加到'nohup.out‘，'$HOME/nohup.out’否则。如果标准错误是终端，请将其重定向到标准输出。若要将输出保存到文件中，请使用“nohup命令> FILE”。

在您的示例中，命令的输入没有被重定向，因此nohup从/dev/null为您重定向。类似地，nohup为您重定向标准输出到nohup.out，发出警告(注意这只是一个警告)“忽略输入并将输出附加到'nohup.out'”，并将警告写入stderr。

对于nohup的退出状态，这个问题给出了很好的解释。您需要自己检查为什么命令nohup conda activate shuffle_end_reads发出1的退出状态。

使用nohup就好像它是bash语法的一部分一样，可能会导致有趣的错误。最简单的一个，

nohup cd myfolder && ./script.sh &

写入stderr的下列消息将失败：

nohup:忽略输入并将输出附加到'nohup.out‘nohup:未能运行命令'cd'：没有这样的文件或目录

第一行只是一个警告。第二行解释错误。nohup只是尝试将其$1作为可执行文件调用，而cd从来不是一个独立的可执行文件。

当我需要为nohup组合多个命令时，我通常使用以下语法

nohup bash -c "long command" &

也许有更好的方法，但这就是我所用的。在上面的示例中，如果确实有一个原因不能在cd之前使用nohup，我将这样做。

nohup bash -c "cd myfolder && ./script.sh` &

最后要记住的一点是，您的程序可能会安装自己的信号处理程序，从而使nohup变得无用。如这个问题所示。