如何使用mpirun分配核心
如何使用mpirun分配核心
提问于 2019-07-30 06:53:14
我试图在一个VPS上同时执行两个进程，VPS有16个核，我希望每个工作都使用8个核，最大限度地利用可用的核数。
因此，我想我可以这样执行两个独立的进程：
$ mpirun -np 8 pmemd.MPI -O -i input_proc1.in -o output_proc1.out
$ mpirun -np 8 pmemd.MPI -O -i input_proc2.in -o output_proc2.out在我看来，这将把进程1放在核心1-8上，进程2放在核心9-16上，尽管情况显然不是这样。检查htop输出显示，这两个进程都拥挤在1-8核之上，留下8个核心没有被使用。
我在后台运行这些命令，购买将一系列mpirun命令放在两个独立文件夹中的文件中，并以这样的方式运行：
$ nohup ./runscript.sh < /dev/null > /dev/null 2>&1 &要让它们在我注销后在后台运行，我需要运行的每一系列进程都需要几天的时间才能完成。
我认为您应该能够以某种方式为一个任务“保留”8个核心(1-8)，然后在启动下一个任务时强制使用其余的8个核心，尽管我还没有使用--bind-to选项实现所期望的行为。我不确定这是否与系统是OpenStack VPS机器有关，还是我做得不对。
我在运行Ubuntu18.04.2LTS的Ubuntu上使用mpirun (Open ) 2.1.1。
如有任何关于达到预期行为的反馈或建议，我们将不胜感激。
诚挚的问候
回答 1
Unix & Linux用户
回答已采纳
发布于 2019-07-31 06:37:08
因此，经过深入研究，我在堆栈溢出上找到了我的问题的答案。出于我的目的，我安装了apt-get hwloc，使用lstopo -p映射可用的核心，然后运行命令如下：
$ nohup mpirun --cpu-set 0-7 --bind-to core -np 8 pmemd.MPI [arguments]
$ nohup mpirun --cpu-set 8-15 --bind-to core -np 8 pmemd.MPI [arguments]这成功地将第一个任务分配到前8个核上，第二个任务分配到其余8个核上，充分利用了所有可用的16个核。
我想我也会在这里贴出答案，以防将来有人在这个问题上绊倒。
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原文链接：
https://unix.stackexchange.com/questions/532884
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