如何从FASTQ文件中提取序列行？
如何从FASTQ文件中提取序列行？
提问于 2017-10-13 05:40:32
FASTQ格式的Illumina序列文件如下：
@ERR009148.2485 IL26_1382:7:1:224:616 length=36
ATCACATGCTCCTTGTTCTGCAGCTTGGTGCGGATG
+ERR009148.2485 IL26_1382:7:1:224:616 length=36
>>>>>>>>>>>>>>>>>>><>><>>>5>>->><->*
@ERR009148.2486 IL26_1382:7:1:914:59 length=36
AAAGAAGTAAAATAAGAAGGCAATGCTTGTGGAAGG
+ERR009148.2486 IL26_1382:7:1:914:59 length=36
.>>74::1>174151/7152313,3&003,00&2%2
@ERR009148.2487 IL26_1382:7:1:251:589 length=36
GCCATAAACACCCCAGCACCACATTCATCAGAAGGG
+ERR009148.2487 IL26_1382:7:1:251:589 length=36
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>8>>>>>>><;<>>7
@ERR009148.2488 IL26_1382:7:1:911:194 length=36
ATTGAGGTGGAGTAGATTAGGCGTAGGTAGAAGTAG
+ERR009148.2488 IL26_1382:7:1:911:194 length=36
<>>>=>>>>>>>=;<:>>7>==<<7;=67=/57/57我只需要从每个记录中提取原始序列。对此可以使用什么sed命令？
预期产出：
ATCACATGCTCCTTGTTCTGCAGCTTGGTGCGGATG
AAAGAAGTAAAATAAGAAGGCAATGCTTGTGGAAGG
GCCATAAACACCCCAGCACCACATTCATCAGAAGGG
ATTGAGGTGGAGTAGATTAGGCGTAGGTAGAAGTAG回答 1
Unix & Linux用户
发布于 2017-10-13 05:45:30
使用sed。
sed -n '/^[ATGC]/p' infile使用grep：
grep '^[ATGC]' infile使用awk：
awk '/^[ATGC]/' infile所有这些都将返回以一个A, C, T, G字母开头的行。
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原文链接：
https://unix.stackexchange.com/questions/397861
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