测试HDF5/c++中是否存在数据集并处理错误
测试HDF5/c++中是否存在数据集并处理错误
提问于 2021-06-28 19:47:33
我正在用HDF5库在C++中读取*.hdf5系列文件。这些文件具有相同的数据集(相同的keys，但不同的信息)，但有时一个文件中可能缺少单个数据集(例如，在100个文件中我有数据集apple，在3个文件中我没有任何apple数据集)，在这些情况下有以下例外：
HDF5-DIAG: Error detected in HDF5 (1.10.7) thread 0:
#000: H5D.c line 298 in H5Dopen2(): unable to open dataset
major: Dataset
minor: Can't open object
[...]
#005: H5Gloc.c line 376 in H5G__loc_find_cb(): object 'apple' doesn't exist
major: Symbol table
minor: Object not found
terminate called after throwing an instance of 'H5::GroupIException'当这个错误发生时，我想要处理这个异常，例如为该文件创建一个空的apple数据集。
在这里，我发布了读取文件->组->数据集的代码块。为了处理错误，我想创建一个空的GoldenApples向量，即使dataset apple不存在。
std::string FileName = "fruit." + std::to_string(cutID) + ".hdf5";
fruitFile = H5::H5File(FileName, H5F_ACC_RDONLY );
H5::Group group = fruitFile.openGroup("fruit");
H5::DataSet dataset = group.openDataSet("apple");
H5::DataSpace dataspace = dataset.getSpace();
hsize_t naxes[2];
dataspace.getSimpleExtentDims(naxes, NULL);
AppleType = Eigen::MatrixXd::Zero(naxes[1], naxes[0]);
dataset.read(AppleType.data(), H5::PredType::NATIVE_DOUBLE);
GoldenApples = std::vector<int>(naxes[0], 0.);
//need golden apples, which are in pos (4,i) in matrix AppleType
for (int i = 0; i < naxes[0]; i++){
GoldenApples[i] = AppleType(4,i);
}
fruitFile.close();回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2021-06-28 21:44:18
如果您没有绑定到特定的库，那么可以查看一下HDFql，因为使用它可以很容易地检查HDF5数据集的存在。在C++中使用HDFql，您的用例可以按如下方式解决：
// check if dataset 'apple' exists in HDF5 file 'fruit.h5'
if (HDFql::execute("SHOW DATASET fruit.h5 apple") == HDFql::Success)
{
std::cout << "Dataset apple exists!" << std::endl;
}
else
{
std::cout << "Dataset apple does not exist!" << std::endl;
}有关HDFql的更多信息，请查看其reference manual以及一些examples。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/68162828
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