使用非索引变量对Seaborn热图进行排序
使用非索引变量对Seaborn热图进行排序
提问于 2020-06-07 11:23:40
我目前正处于从R和ggplot2迁移到seaborn的过程中，因为R正在为我使用的数据量而苦苦挣扎。我目前正在开发一个相当简单的热图，我已经能够在没有太多问题的情况下渲染一般的热图，但我不确定如何调整热图的分类顺序。
在本例中，我的数据具有以下标头：
Sample Position Depth Order
样本是“y轴”范畴，位置是“x轴”范畴。深度是单元格的值。Order是在其他地方计算的元值，但我想使用Order作为y轴的排序值，同时保留Sample作为标签。有没有办法做到这一点？
回答 1
Stack Overflow用户
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发布于 2020-06-07 19:40:00
您需要为sns.heatmap提供一个矩形格式或矩阵，因此尽管您有一个用于对Sample进行排序的Order列，但是不清楚每个'Order'类别是否有一个惟一的值。
下面我使用一个简单的例子，基本上你根据“Order”的平均值将“Sample”更改为一个类别。这就像更改R中的因子级别一样。此外，您还需要确保没有NaN，否则热图可能会报告：
df = pd.DataFrame({'Sample':np.repeat(['A','B','C'],4),
'Position':[1,2,3,4]*3,
'Depth':np.random.normal(0,1,12),
'Order':np.repeat([2,1,3],4)})
y_order = df.groupby('Sample')['Order'].agg('mean').sort_values().index
df['Sample'] = pd.Categorical(df['Sample'],ordered=True,categories=y_order)
sns.heatmap(df.pivot(index='Sample',columns='Position', values='Depth'))
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/62240455
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