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问Python三剪短肽正则表达式？
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Stack Overflow用户

提问于 2013-08-22 01:51:25

回答 1查看 841关注 0票数 2

目的是在Python中编码蛋白质序列的理论胰蛋白酶切割。胰蛋白酶的切割(切割)规则是:在R或K之后，但不在P之前(即胰蛋白酶在每个K或R之后切割蛋白质序列，除非(K或R)后面跟着一个P)。

这是我的正则表达式：

pattern = re.compile('[KR]?[^P].*?[KR](?!P)')
peptides = pattern.findall('GGRGAGSAAWSAAVRYLTMMSSLYQT')

输出：

GGR and GAGSAAWSAAVR

我想要的是：

GGR and GAGSAAWSAAVR and YLTMMSSLYQT

Findall只返回被剪切的部分，而不返回剩余的部分。谢谢

python

regex

python-3.3

回答 1

Stack Overflow用户

发布于 2014-03-13 07:19:49

这是一个非常好的解决问题的方法，也是最简单的方法：

peptideo=""
proteina=raw_input("Digite a sequencia da proteina a ser digerida: ")
i=0
for i in range (0,len(proteina)):
    peptideo=peptideo+proteina[i]
    if (proteina[i]==("R") and not (proteina[i+1]=="P")):
        print "Peptideo digerido", peptideo
        peptideo=""
    if (proteina[i]==("P") and not (proteina[i+1]=="P")):
        print "Peptideo digerido", peptideo
        peptideo=""
print "Peptideo digerido", peptideo

票数 -1

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/18364380

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