从dockerfile启动奇点容器中的conda环境
从dockerfile启动奇点容器中的conda环境
提问于 2019-08-08 23:57:11
我正在尝试从一个现有的docker镜像设置一个奇点容器，在这个镜像中，一个名为"tensorflow“的conda环境在我运行容器时立即被激活。我在这个话题here上找到了一些答案。不幸的是，在这篇文章中，他们只解释了如何在默认情况下设置奇点.def文件来激活conda环境。然而，我只想修改我现有的Dockerfile，然后从它构建一个奇点镜像。
到目前为止，我尝试的是像这样设置Dockerfile：
FROM opensuse/tumbleweed
ENV PATH /opt/conda/bin:$PATH
ENV PATH /opt/conda/envs/tensorflow/bin:$PATH
# Add conda environment files (.yml)
COPY ["./conda_environments/", "."]
# Install with zypper
RUN zypper install -y sudo wget bzip2 vim tree which util-linux
# Get installation file
RUN wget --quiet https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2019.07-Linux-x86_64.sh -O ~/anaconda.sh
# Install anaconda at /opt/conda
RUN /bin/bash ~/anaconda.sh -b -p "/opt/conda"
# Remove installation file
RUN rm ~/anaconda.sh
# Make conda command available to all users
RUN ln -s /opt/conda/etc/profile.d/conda.sh /etc/profile.d/conda.sh
# Create tensorflow environment
RUN conda env create -f tensorflow.yml
# Activate conda environment with interactive bash session
RUN echo ". /opt/conda/etc/profile.d/conda.sh" >> ~/.bashrc
RUN echo "conda activate tensorflow" >> ~/.bashrc
# Default command
CMD ["/bin/bash"]在构建docker镜像之后，我使用以下命令运行docker容器：
docker run -t -d --rm --name=my_container opensuse_conda:latest并使用以下命令进入容器：
docker exec -it my_container bash结果不出所料。shell会话直接在"tensorflow“环境处于活动状态时启动，该环境由(tensorflow)前缀指示。
为了从这个docker镜像构建一个奇点镜像，我使用：
sudo singularity build opensuse_conda.sif docker-daemon://opensuse_conda:latest并使用以下命令运行容器：
sudo singularity run opensuse_conda.sif这就是问题所在。默认情况下，"base“环境被激活，而不是"tensorflow”环境。但是，我更希望在运行奇点容器时激活"tensorflow“环境。
如何修改我的Dockerfile，使其在同时运行docker容器和奇点容器时，默认环境为"tensorflow"？
非常感谢您的帮助！
回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2019-08-10 18:19:23
您的问题是，只有在启动交互式shell时才会读取.bashrc，而不是在容器使用默认命令运行时读取。有关背景信息，请参见this answer。
您可以将conda activate tensorflow命令放入大量的bash startup files中。我建议您定义一个自己的文件，并将文件名放入BASH_ENV环境变量中。这两个都可以通过Dockerfile轻松完成。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/57416579
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