如何使用C++应用编程接口在HDF5文件中写入/读取交错数组？
如何使用C++应用编程接口在HDF5文件中写入/读取交错数组？
提问于 2020-03-03 22:07:56
我有多个不同大小的包含浮点数的std::vector。我想在HDF5文件中以锯齿数组的形式将它们全部写入/读取(理想情况下，使用hyperslabs逐个写入/读取它们，因为我不能同时在内存中保存所有向量)。我认为我应该使用一个规则数组，它的每个元素都是可变长度的数据类型，但我找到的所有示例都是C示例。我的代码如下所示：
#include <vector>
#include "H5Cpp.h"
int main() {
std::vector<float> v1 {0.1, 0.2, 0.3};
std::vector<float> v2 {0.4, 0.5};
H5::VarLenType array_type (H5::PredType::NATIVE_FLOAT);
hsize_t dimensions[1] = {2};
H5::DataSpace dataspace (1, dimensions);
H5::H5File file ("jarray.h5", H5F_ACC_TRUNC);
H5::DataSet dataset = file.createDataSet("jarray", array_type, dataspace);
hsize_t size[1] = {1};
hsize_t offset[1] = {0};
dataspace.selectHyperslab(H5S_SELECT_SET, size, offset);
dataset.write(v1.data(), array_type);
return 0;
};如果我省略了对write函数的调用，代码将创建一个具有以下结构(由h5dump打印出来)的空文件：
HDF5 "jarray.h5" {
GROUP "/" {
DATASET "jarray" {
DATATYPE H5T_VLEN { H5T_IEEE_F32LE}
DATASPACE SIMPLE { ( 2 ) / ( 2 ) }
DATA {
(0): (), ()
}
}
}
}这让我相信数据集具有正确的结构，但我没有正确编写部分。
有人能解释一下如何写入这样的数组吗？之后如何读取值呢？任何帮助都将不胜感激。
回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2020-03-04 02:10:28
不确定如何使用HDF5 C++ API完成此操作，但您可以尝试使用HDFql，因为它可以减少HDF5的低级细节。在C++中使用HDFql，您可以执行以下操作来写入/读取HDF5交错数组：
// create HDF5 file 'jarray.h5' and use (i.e. open) it
HDFql::execute("CREATE AND USE FILE jarray.h5");
// create HDF5 dataset 'jarray' of one dimension (size 2) as a variable-length float (i.e. jagged)
HDFql::execute("CREATE DATASET jarray AS VARFLOAT(2)");
// write 0.1, 0.2 and 0.3 in first row of dataset 'jarray', 0.4 and 0.5 in second row
HDFql::execute("INSERT INTO jarray VALUES((0.1, 0.2, 0.3), (0.4, 0.5))");
// read first row of dataset 'jarray' using an hyperslab and populate cursor with values
HDFql::execute("SELECT FROM jarray(0:::1)");
// display values of first row
while (HDFql::cursorNext() == HDFql::SUCCESS)
{
std::cout << *HDFql::cursorGetFloat() << std::endl;
}
// read second row of dataset 'jarray' using an hyperslab and populate cursor with values
HDFql::execute("SELECT FROM jarray(1:::1)");
// display values of second row
while (HDFql::cursorNext() == HDFql::SUCCESS)
{
std::cout << *HDFql::cursorGetFloat() << std::endl;
}这是一个基于直接写入值的简短示例。如果您需要使用用户自定义内存(即变量)进行写/读，请查看reference manual和examples以获取更多信息。
页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/60509028
复制相关文章
相似问题
腾讯云开发者
