Datajoint:关于如何处理神经科学数据管道中需要手动审查的阶段的建议？
Datajoint:关于如何处理神经科学数据管道中需要手动审查的阶段的建议？
提问于 2021-05-26 20:35:47
想知道在基于数据库的科学数据管道(datajoint)中，是否有好的示例或建议来处理需要手动审查的步骤。例如，我们希望通过自动化管道处理我们的神经元钙成像数据的预处理和去噪/分离，但是在进入数据库进行进一步分析之前，每个视频和每个细胞都需要手动审查。处理这些步骤的最佳实践是什么？是否添加手动表，以便仅将通过审核的数据添加到下游管道阶段？将手动审查之前的步骤与管道的其余部分分开(在他们自己的模式中？)？谢谢!
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2021-05-27 02:24:36
自动管理
首先，您可以调用交互式图形用户界面，作为需要手动干预的特定表的make方法的一部分。它将呈现计算结果，以供人类审查/管理/更正。
单独的手动管理
其次，您可以定义一个手动表来支持手动审阅/整理。例如，钙成像元素中的Curation表遵循以下模式：https://github.com/datajoint/element-calcium-imaging
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/67705021
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