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问当我使用assignTaxonomy时r会话中止
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Stack Overflow用户

提问于 2020-02-18 22:07:10

回答 1查看 112关注 0票数 0

我已经有这个问题一个多星期了，我的时间快用完了，当我在Mac上运行我的脚本时，当我在PC上运行它时，patience.This问题就发生了(内存越大，结果没有区别，它就会更快地中止)。当我尝试运行我的数据集的这一行时，会话中止。

  set.seed(119)
  tax_PR2 <- assignTaxonomy(seqtab, 
                      "~/Desktop/Documents/Bruts/aeDNA_data_shared/pr2_version_4.11.1_dada2.fasta",
                      multithread=TRUE)

有谁知道问题出在哪里吗？我验证了我的数据集(seqtab目前被R视为20.2Mb的3930724个元素的大矩阵)，我验证了我计算机上的空间，我有运行这行代码所需的所有软件包，我尝试了不同来源的PR2基因组数据库(PR2版本4.11.1或4.12.0等)。它总是有相同的结果。

如果你有任何想法，我将不胜感激。我希望我提供的信息是足够的。

已安装的程序包：

   library(BiocManager)
   library(Rcpp)
   library(dada2)
   library(ff)
   library(ggplot)
   library(gridExtra)
   library(phyloseq)
   library(vegan)

session

abort

回答 1

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2020-02-19 10:51:39

这可能是由1.14中引入的错误引起的，有关更多信息，请参阅Github问题：https://github.com/benjjneb/dada2/issues/916

我们刚刚确定了原因，应该很快就会有解决方案。要立即使用，解决方法是关闭多线程，或恢复到以前的版本1.12。

票数 1

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/60282755

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