使用字符串变量为对象槽赋值
使用字符串变量为对象槽赋值
提问于 2018-08-31 05:25:08
我有一个Seurat单细胞基因表达对象，它有槽。
其中一个插槽是@meta.data，它是一个矩阵。
我想通过将meta$brain.region的值指定为一个因子来创建一个$orig.ident列。meta是我原始的元数据表。
我这样做是为了一堆数据集，并希望使其具有通用性。
其思想是，用户只需输入原始对象的名称，此后的所有内容都将被相应地调用。
用户提示：
> dataset <- "path/to/gw14.RData"
> seurat.obj <- "gw14"
然后加载工作区，其中包括Seurat对象gw14。
> load(dataset)
> seurat.obj.new <- paste0(seurat.obj, ".", 2)
我不明白为什么在这里使用get会返回下面的错误：
> get(seurat.obj.new)@meta.data$orig.ident <- factor(meta$brain.region)
Error in get(seurat.obj.new)@meta.data$orig.ident = factor(meta$brain.region) :
could not find function "get<-"然而，在这里使用它可以像预期的那样工作：
> assign(seurat.obj.new, CreateSeuratObject(raw.data = get(seurat.obj)@raw.data,
min.cells = 0, min.genes = 0, project=age))回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2018-08-31 08:20:30
首先，只需编写一个函数，该函数假定您传入了实际的数据对象并返回更新后的数据对象。例如
my_fun <- function(x) {
x@meta.data$orig.ident <- factor(meta$brain.region)
x
}通常你会这样叫它
gw14.2 <- my_fun(gw14)注R中的函数应该返回一个值，并返回一个更新值。它们不应该有像创建变量这样的副作用。这应该在用户的控制之下。
如果您确实希望将数据对象作为字符串使用，您可以这样做
seurat.obj <- "gw14"
seurat.obj.new <- paste0(seurat.obj, ".", 2)
assign(seurat.obj.new, my_fun(get(seurat.obj)))但这种类型的行为与大多数R函数的操作方式并不一致。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/52105565
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