代码更改后Snakemake中的MissingRuleException
代码更改后Snakemake中的MissingRuleException
提问于 2018-02-23 00:26:07
我有两条规则：
all_participants = ['01','03','04','05','06','07','08']
rule all:
input: expand("data/interim/tables/screen/p{participant_id}.csv",participant_id=all_participants)
rule extract_screen_table:
output: "data/interim/tables/screen/p{participant_id}.csv"
shell: "python src/data/sql_table_to_csv.py --table screen"如果我执行snakemake，一切都会正常工作，但如果我更改代码并执行：snakemake -n -R 'snakemake --list-code-changes'，我会得到这个错误：
Building DAG of jobs...
MissingRuleException:
No rule to produce snakemake --list-code-changes (if you use input functions make sure that they don't raise unexpected exceptions).snakemake --list-code-change的输出为：
Building DAG of jobs...
data/interim/tables/screen/p03.csv我认为它不应该是这样的，我应该使用python脚本。
Stack Overflow用户
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发布于 2018-02-23 16:43:35
你必须对list-code-changes：`snakemake --list-code-changes`使用反引号。这是用于执行所包含的命令并以字符串形式返回STDOUT的bash语法。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/48932439
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