如何在Seurat中对DoHeatmap图中的单元格进行重新排序(ggplot2)
如何在Seurat中对DoHeatmap图中的单元格进行重新排序(ggplot2)
提问于 2018-09-02 18:43:46
我和Seurat在R中绘制了一个热图
require(Seurat)
data <- data.frame(cell1=c(-0.5, 0.5), cell2=c(-0.8, 0.3), cell3=c(2.0, 0.1), cell4=c(1.0, 1.0))
rownames(data) <- c("gene1", "gene2")
test <- CreateSeuratObject(data)
test@scale.data <- data
DoHeatmap(test)这就是我得到的
我想在这里用自定义顺序重新排序单元格。我尝试了DoHeatmap(test, data.use=<reordered data>)和p <- DoHeatmap(…, plot=FALSE)，然后对p$data重新排序，但都无济于事
回答 1
Stack Overflow用户
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发布于 2018-09-02 19:21:21
我们可以强制p$data$cell为一个因子，并根据我们的需要指定级别。
set.seed(1)
(custom_order <- paste0("cell", sample(4)))
#[1] "cell2" "cell4" "cell3" "cell1"创建绘图并重新排序
p <- DoHeatmap(test)
p$data$cell <- factor(p$data$cell, levels = custom_order)
p
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/52136211
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