问蛋白质组学数据的子网分析
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Stack Overflow用户

提问于 2016-09-07 21:36:51

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背景:我有七个样本的蛋白质组学数据(pvalue/ log-折叠率变化得分)，我想通过网络(交互组)分析这些数据。

问:我喜欢从数据中创建所有蛋白质的相互作用组，并将具有显着p值的蛋白质映射到这个网络(与对照相比)，然后我喜欢创建子网络；也喜欢将路径丰富添加到子网络中。

请求:请推荐适合我要求的在线或独立工具(或算法)。

谢谢！

发布于 2016-09-08 02:28:27

要创建表示蛋白质-蛋白质相互作用的网络图，我建议您查看networkx库。您可以使用它传入一些节点(感兴趣的蛋白质)和边(交互作用)，并生成图形。我相信它也可以生成这些图的子网。

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原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/39371435

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