使用shell()执行多个shell命令的推荐方法
在snakemake中，使用shell()函数执行多个命令的推荐方式是什么？
回答 2
Stack Overflow用户
发布于 2017-08-08 07:35:49
您可以在规则的run块中多次调用shell() (规则可以指定run:而不是shell:)：
rule processing_step:
input:
# [...]
output:
# [...]
run:
shell("somecommand {input} > tempfile")
shell("othercommand tempfile {output}")否则，由于run块接受Python代码，您可以构建一个字符串形式的命令列表并迭代它们：
rule processing_step:
input:
# [...]
output:
# [...]
run:
commands = [
"somecommand {input} > tempfile",
"othercommand tempfile {output}"
]
for c in commands:
shell(c)如果在执行规则的过程中不需要Python代码，那么可以在shell块中使用带三重引号的字符串，并像在shell脚本中一样编写命令。对于纯shell规则来说，这无疑是最具可读性的：
rule processing_step:
input:
# [...]
output:
# [...]
shell:
"""
somecommand {input} > tempfile
othercommand tempfile {output}
"""如果shell命令依赖于前面命令的成功/失败，则可以使用||和&&等常用的shell脚本操作符将它们连接起来
rule processing_step:
input:
# [...]
output:
# [...]
shell:
"command_one && echo 'command_one worked' || echo 'command_one failed'"Stack Overflow用户
发布于 2018-03-28 19:44:45
我想我应该加上这个例子。这可能不是对用户问题的直接回答，但我在搜索类似的东西并试图弄清楚如何运行多个shell命令并在特定目录中运行其中一些命令(由于各种原因)时遇到了这个问题。
为了保持整洁，您可以使用shell脚本。
假设我有一个外壳脚本scripts/run_somecommand.sh，它执行以下操作：
#!/usr/bin/env sh
input=$(realpath $1)
output=$(realpath $2)
log=$(realpath $3)
sample="$4"
mkdir -p data/analysis/${sample}
cd data/analysis/${sample}
somecommand --input ${input} --output ${output} 2> ${log}然后在你的Snakemake规则中，你可以这样做
rule somerule:
input:
"data/{sample}.fastq"
output:
"data/analysis/{sample}/{sample}_somecommand.json"
log:
"logs/somecommand_{sample}.log"
shell:
"scripts/run_somecommand.sh {input} {output} {log} {sample}"注意:如果你在苹果电脑上工作，但没有realpath，你可以用brew install coreutils来安装，这是一个非常方便的命令。
https://stackoverflow.com/questions/45553762
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