艾伦大脑研究所-大脑天文台示例
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提问于 2016-08-23 13:04:23
我正在尝试效仿brain observatory ipython notebook的做法。
然而，我在加载nwb文件时遇到了问题，如下所示。
from allensdk.core.brain_observatory_cache import BrainObservatoryCache
boc = BrainObservatoryCache(manifest_file='boc/manifest.json')
data_set = boc.get_ophys_experiment_data(501940850) # problem here所以，我用HDFview打开了nwb文件。
除502376461.nwb外，所有的脑观察站nwb文件都没有打开。
它抛出了以下错误：
IOError: Unable to open file (Truncated file: eof = 82280448, sblock->base_addr = 0, stored_eoa = 204046519) 当我尝试打开allen的ipython笔记本示例中的502376461.nwb时，它起作用了！但是其他的(501940850，503820068...)像上面一样失败了。
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2016-09-07 05:20:51
总结来自github的线程：
https://github.com/AllenInstitute/AllenSDK/issues/22
这些文件以某种方式被部分下载或损坏。下载过程中没有报告异常，因此urllib一定没有注意到问题。
AllenSDK开发人员正在研究某种类型的文件一致性检查和/或不同的HTTP库。
https://github.com/AllenInstitute/AllenSDK/issues/28
如果其他人遇到这种情况，您可以删除坏文件并重新运行下载功能(BrainObservatoryCache.get_ophys_experiment_data)。文件将下载到BrainObservatoryCache manifest file的子目录中，如果未指定，则默认为当前工作目录。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/39092740
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