我最近从Linux转到了Mac OS。我已经在这台新机器上安装了vmd。当我输入以下命令时,vmd加载时没有任何分子:
vmd protein.gro
这个*.gro文件包含一个蛋白质分子。我想像在Linux中一样打开这个文件:
*applicationname filename*
但它不起作用。通过vmd发射分子是行不通的。我试着用谷歌搜索这个问题,但我找不到正确的答案。有没有人有同样的问题,并能够解决它?
发布于 2017-04-08 09:37:26
vmd是原生Mac应用吗?如果是这样,您应该能够使用open -a /path/to/vmd.app filename
。
发布于 2017-04-08 17:48:38
我认为这取决于应用程序本身,但也许可以试试这个。首先,使用终端查找应用程序的安装位置,如下所示:
which vmd
你应该得到通向它的路径。然后像这样使用路径:
open -a /path/to/vmd --args someMolecule.gro
发布于 2018-12-02 19:06:24
可能有点晚了,但不管怎样。您只需在bash_profile文件中添加一行。
bash_profile文件位于:
/Users/user-name/.bash_profile
(请记住将user-name更改为您的真实用户名,并注意文件名开头的点)
在.bash_profile (或.profile)文件中添加:
alias vmd='csh /Applications/VMD\ 1.9.3.app/Contents/MacOS/startup.command.csh'
(对于不同版本的VMD,您需要将路径中的数字(1.9.3)更改为您的实际VMD版本)。保存并关闭。
在此之后,只需再次生成.bash_profile (或.profile)文件,以便将更改合并到您的shell中,或者只需打开一个新的终端窗口。
现在你可以输入:
vmd my-gro-file.gro
就像在Linux中一样。
https://stackoverflow.com/questions/43287976
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