如何在R 4.0.3中为细胞计数脚本安装'rtiff‘包
如何在R 4.0.3中为细胞计数脚本安装'rtiff‘包
提问于 2021-02-11 06:30:25
我正在使用初学者手册(https://apps.dtic.mil/dtic/tr/fulltext/u2/1079243.pdf)，以便使用Rstudio对显微镜图像中的细胞进行计数。安装BiocManager和EBImage包后，手册建议：
Install.packages("tiff")
Install.packages("pixmap")
Install.packages("rtiff")但是，'rtiff‘包不适用于新版本的R 4.0.3 (2020-10-10)。所以我不能安装它：
Warning in install.packages :
package ‘rtiff’ is not available for this version of R
A version of this package for your version of R might be available elsewhere,
see the ideas at
https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages该手册将继续加载软件包，为数据集创建适当的文件路径和目录：
library("tiff")
library("pixmap")
library("rtiff")
map_path <- "C:/Cellcounting/Analysis/Images/"
map_savdir <- "C:/Cellcounting/Analysis/Mapped_image"
map_files <- list.files(map_path, pattern="tif", full.name=F)
image_path <- "C:/Cellcounting/Analysis/Mapped_image/"
image_savdir <- "C:/Cellcounting/Analysis/Image_analysis"
image_files <- list.files(image_path, pattern="tiff", full.name=F)
csv_path <- "C:/Cellcounting/Analysis/Image_matrices"然后，我应该创建以下for循环来将图像转换为像素贴图：
for (i in 1: length (map_files)) {
mapped_image <- paste0 (sub (". tif", replacement = "", x = map_files [i]), "_ mapped.tiff")
map1 <- readTiff (paste0 (map_path, map_files [i]))
map2 <- as.matrix (map1 @ red)
map2 [map2 <0.3] <- 0
writeTiff (map2, paste0 (map_savdir, "/", mapped_image))
}此时，我收到以下错误，我认为这是因为我无法安装'rtiff‘包：
Error in readTiff (paste0 (map_path, map_files [i])):
could not find function "readTiff"我能做些什么？有没有替代rtiff的方法？
提前感谢，
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2021-07-22 22:03:30
我也有同样的问题。我使用这个程序是为了在R中获得相似的细胞计数，但无法正确安装'rtiff‘。
'rtiff‘不再存在于CRAN中，所以我一直在尝试使用以下代码从CRAN的归档文件中安装'rtiff’：
install.packages("devtools")
library(devtools)
install_github("cran/rtiff")以及：
packageurl<-"https://cran.r-
project.org/src/contrib/Archive/rtiff/rtiff_1.4.tar.gz"
install.packages(packageurl,repos=NULL,type="source",dependencies = T)我得到了相同的错误，即软件包的安装具有非零退出状态。我继续搜索互联网和各种表单，试图安装完整的软件包。
我要做的一件事就是将函数'readTiff‘和'writeTiff’导入到R环境中，方法是从CRAN归档文件中下载tar.gz文件，使用WinZIP解压其中的内容，然后将其放入您的存储库中。示例代码如下：
setwd('C:/Users/Computer/Documents/rtiff_1.4.8/rtiff/R')
source('readTiff.R')
source('writeTiff.R')这使我能够在R环境中使用这些函数，但遗憾的是，在尝试运行for循环来创建映射映像时，开始弹出更多错误：
Error in .C("C_TiffGetWidth", as.character(fn), w = as.integer(w), PACKAGE = "rtiff") :
"C_TiffGetWidth" not available for .C() for package "rtiff"我会继续深入调查这件事。我实际上是与你所引用的这本手册的作者之一合作的，所以希望我们能解决这个问题，并尽快更新你的信息。
页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/66146067
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