如何在Python中更改SimpleITK图像的方向
如何在Python中更改SimpleITK图像的方向
提问于 2020-02-02 16:28:50
我使用this code将一系列dicom图像读入python。
series_IDs = sitk.ImageSeriesReader.GetGDCMSeriesIDs(data_directory)
series_file_names = sitk.ImageSeriesReader.GetGDCMSeriesFileNames(data_directory, series_IDs[0])
series_reader = sitk.ImageSeriesReader()
series_reader.SetFileNames(series_file_names)
series_reader.LoadPrivateTagsOn()
image3D=series_reader.Execute()
size = image3D.GetSize()目前，它的方向如下：
我需要将方向更改为以下方向：
python中有什么命令可以改变SimpleITK图像的方向吗？
回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2020-02-06 12:38:29
扩展您的代码来执行此操作，我将考虑从您加载的图像中构建一个新图像，然后向其添加自定义方向。另外，ITK在python包装中提供了一个方向图像过滤器。这不是简单的，但可能会解决你的问题
import SimpleITK as sitk
series_IDs = sitk.ImageSeriesReader.GetGDCMSeriesIDs(data_directory)
series_file_names = sitk.ImageSeriesReader.GetGDCMSeriesFileNames(data_directory, series_IDs[0])
series_reader = sitk.ImageSeriesReader()
series_reader.SetFileNames(series_file_names)
series_reader.LoadPrivateTagsOn()
image3D=series_reader.Execute()
size = image3D.GetSize()
#get image data
image_out = sitk.GetImageFromArray(sitk.GetArrayFromImage(img))
#setup other image characteristics
image_out.SetOrigin(img.GetOrigin())
image_out.SetSpacing(img.GetSpacing())
#set to RAI
image_out.SetDirection(tuple(1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0))
sitk.WriteImage(image_out, 'test.mha')页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/60024404
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