将序列连接到fasta文件中的ID
将序列连接到fasta文件中的ID
提问于 2019-06-11 06:36:37
这是我的输入文件
>OTU1;size=4;
ATTCCGGGTTTACT
ATTCCTTTTATCGA
ATC
>OTU2;size=10;
CGGATCTAGGCGAT
ACT
>OTU3;size=5;
ATTCCCGGGATCTA
ACTTTTC预期的输出文件为：
>OTU1;size=4;ATTCCGGGTTTACTATTCCTTTTATCGAATC
>OTU2;size=10;CGGATCTAGGCGATACT
>OTU3;size=5;ATTCCCGGGATCTAACTTTTC我尝试过Remove line breaks in a FASTA file中的代码
但这对我不起作用，我也不确定如何修改那篇文章中的代码……有什么建议吗？提前感谢！
回答 4
Stack Overflow用户
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发布于 2019-06-11 07:43:17
这是另一个awk脚本。使用awk内部解析机制。
awk 'BEGIN{RS=">";OFS="";}NR>1{$1=$1;print ">"$0}' input.txt输出为：
>OTU1;size=4;ATTCCGGGTTTACTATTCCTTTTATCGAATC
>OTU2;size=10;CGGATCTAGGCGATACT
>OTU3;size=5;ATTCCCGGGATCTAACTTTTC解释：
awk '
BEGIN { # initialize awk internal variables
RS=">"; # set `RS`=record separator to `>`
OFS=""; # set `OFS`=output field separator to empty string.
}
NR>1 { # handle from 2nd record (1st record is empty).
$1=$1; # regenerate the output line
print ">"$0 # print out ">" with computed output line
}' input.txtStack Overflow用户
发布于 2019-06-11 06:41:36
$ awk '{printf "%s%s", (/^>/ ? ors : ""), $0; ors=ORS} END{print ""}' file
>OTU1;size=4;ATTCCGGGTTTACTATTCCTTTTATCGAATC
>OTU2;size=10;CGGATCTAGGCGATACT
>OTU3;size=5;ATTCCCGGGATCTAACTTTTCStack Overflow用户
发布于 2019-06-11 09:50:47
你能试着也跟着看吗？
awk -v RS=">" 'NR>1{gsub(/\n/,"");print ">"$0}' Input_file我最初的尝试是awk -v RS=">" -v FS="\n" -v OFS="" 'NF>1{$1=$1;print ">"$0}' Input_file，但后来我看到它已经回复了buy dudi男孩，所以写了另一个(最先提到的)。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/56534328
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