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问如何在pheatmap中更改注释颜色？
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Stack Overflow用户

提问于 2021-11-16 05:48:52

回答 1查看 279关注 0票数 4

考虑这个矩阵：

test = matrix(rnorm(200), 20, 10)
test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)] + 3
test[11:20, seq(2, 10, 2)] = test[11:20, seq(2, 10, 2)] + 2
test[15:20, seq(2, 10, 2)] = test[15:20, seq(2, 10, 2)] + 4
colnames(test) = paste("Test", 1:10, sep = "")
rownames(test) = paste("Gene", 1:20, sep = "")

#创建分组进行划分

group_df = data.frame(Groups=rep(c("Control", "Treated"), c(5,5)))
rownames(group_df) <- colnames(test)

#生成热图：

pheatmap(test, cluster_cols = FALSE, scale = 'row',
            annotation_col = group_df,
            show_colnames = FALSE,
            border_color = "white",
            colorRampPalette(c("#00FF00", "white", "#DC143C"))(75),
            gaps_col = cumsum(c(5,5)))

如何将Control和Treated的颜色从蓝色和红色更改为不同的颜色？

heatmap

pheatmap

回答 1

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2021-11-16 06:16:47

将group_df更改为因子，然后指定annotation_colors将起作用。

group_df = data.frame(Groups=as.factor(rep(c("Control", "Treated"), c(5,5))))

ann_colors = list(
  Groups = c(Control="black", Treated="white"))

rownames(group_df) <- colnames(dummy)
pheatmap(dummy, cluster_cols = FALSE, scale = 'row',
         annotation_col = group_df,
         annotation_colors = ann_colors,
         show_colnames = FALSE,
         border_color = "white",
         colorRampPalette(c("#00FF00", "white", "#DC143C"))(75),
         gaps_col = cumsum(c(5,5)))

票数 3

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/69984316

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