为什么带有R [ PLS ]的pls回归系数与其他R包的回归系数不同？
为什么带有R [ PLS ]的pls回归系数与其他R包的回归系数不同？
提问于 2021-02-09 09:33:30
出于好奇，我试图找出为什么用pls获得的偏最小二乘回归系数与用plsRglm，ropls或plsdepot获得的系数不同，这都提供了相同的结果。
下面是一些可以开始的代码。我曾尝试使用plsr函数的scale、center和method参数……但到目前为止还没有成功。
library(pls)
library(plsRglm)
library(ropls)
library(plsdepot)
data(Cornell)
pls.plsr <- plsr(
Y~X1+X2+X3+X4+X5+X6+X7,
data = Cornell,
ncomp = 3,
scale = TRUE,
center = TRUE
)
plsRglm.plsr <- plsR(
Y~X1+X2+X3+X4+X5+X6+X7,
data = Cornell,
nt = 3,
scaleX = TRUE
)
ropls.plsr <- opls(
as.matrix(Cornell[, grep("X", colnames(Cornell))]),
Cornell[, "Y"],
scaleC = "standard"
)
plsdepot.plsr <- plsreg1(
as.matrix(Cornell[, grep("X", colnames(Cornell))]),
Cornell[, "Y"],
comps = 3
)
## extract PLS regression coefficients for the PLS model with three components
coef(pls.plsr) # a
coef(plsRglm.plsr, type = "original") # b
coef(plsRglm.plsr, type = "scaled") # c
coef(ropls.plsr) # c
plsdepot.plsr$std.coefs # c
plsdepot.plsr$reg.coefs # b回答 1
Stack Overflow用户
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发布于 2021-04-22 21:54:04
首先，只是为了重新格式化，我们写道：
library(pls)
library(plsRglm)
library(ropls)
library(plsdepot)
data(Cornell)
pls.plsr <- plsr(Y ~ X1 + X2 + X3 + X4 + X5 + X6 + X7,
data = Cornell,
ncomp = 3, scale = T, center = T)
plsRglm.plsr <- plsR(Y ~ X1 + X2 + X3 + X4 + X5 + X6 + X7,
data = Cornell,
nt = 3, scaleX = TRUE)
ropls.plsr <- opls(as.matrix(Cornell[, grep("X", colnames(Cornell))]),
Cornell[, "Y"], scaleC = "standard")
plsdepot.plsr <- plsreg1(as.matrix(Cornell[, grep("X", colnames(Cornell))]),
Cornell[, "Y"], comps = 3)完成后，您可以提取原始比例中的系数：
### ORIGINAL SCALE - plsRglm, plsdepot
coef(plsRglm.plsr, type = "original")
plsdepot.plsr$reg.coefs或者您可以对它们进行缩放：
### SCALED - plsRglm, ropls, plsdepot
coef(plsRglm.plsr, type = "scaled")
coef(ropls.plsr)
plsdepot.plsr$std.coefs因此，现在所有的方法都会产生相同的系数。除了pls::plsr。为什么？你可能会问。关键在命令中。当你运行时：
coef(pls.plsr) # , , 3 comps你可以看到"，，3“。这是张量对象的特征。这是什么？系数应该是一个简单的向量。原因是coef是一个泛型函数，它对于pls::plsr模型不能正常工作。要查看实际提取的内容，请执行以下操作：
pls.plsr$coefficients
matrix(pls.plsr$coefficients, ncol = 3) # or in matrix form. coef simply extracts the third column (it should not)但是，如果您检查每个R-package中的等效对象，则可以看到所有模型都具有相同的拟合效果，如下所示：
matrix(pls.plsr$projection, ncol = 3)
plsRglm.plsr$wwetoile
plsdepot.plsr$mod.wgs
ropls.plsr@weightStarMN因此，对于pls::plsr，您根本没有提取系数。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/66111762
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