如何使用rdkit将微笑转换为指纹？
如何使用rdkit将微笑转换为指纹？
提问于 2019-06-24 20:27:06
我必须使用rdkit转换指纹列表中的微笑列表。但我不知道该怎么做。我在互联网上寻找解决方案，但实际上没有有效的例子……有没有人有从分子到指纹的微笑列表的转换经验？
谢谢!
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2021-05-12 02:21:28
您可以尝试这样做：
from rdkit import Chem
smiles_list = ["O=C(NCc1cc(OC)c(O)cc1)CCCC/C=C/C(C)C", "CC(C)CCCCCC(=O)NCC1=CC(=C(C=C1)O)OC", "c1(C=O)cc(OC)c(O)cc1"]
# create a list of mols
mols = [Chem.MolFromSmiles(smiles) for smiles in smiles_list]
# create a list of fingerprints from mols
fps = [Chem.RDKFingerprint(mol) for mol in mols]RDKit有多种用于生成分子指纹的内置功能，我在这里展示了生成拓扑指纹的示例。有关其他选项，请参阅此doc。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/56736598
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