在storage.mode(from) <- "double“中:通过强制引入NAs
在storage.mode(from) <- "double“中:通过强制引入NAs
提问于 2019-06-16 03:24:00
我正在使用Seurat并尝试分析从GEO安装的数据集。但是我得到了下面的错误。
我正在尝试使用R和Seurat绘制tSNE图，但收到了关于CreateSeuratObject的错误消息。
library(dplyr)
library(Seurat)
library(ggplot2)
cancer.rna <- read.csv2(file = "/Users/desktop/GSE84133/GSM2230757_human1_umifm_countsnew3.csv", sep = ",",header = TRUE, row.names = NULL)
dim(cancer.rna)
[1] 16381 1651
cancer.rna[1:5, 1:5]
X TGCCTCAC.TGGGATTC AGAGACTA.GATTGCGA GAGGGAGGTA.GAAGGCTT GAGAGAGTAT.CCTATTCA
1 A1BG 0 0 0 0
2 A1CF 0 0 0 2
3 A2M 4 0 0 0
4 A2ML1 0 0 0 0
5 A4GALT 0 0 0 0
cancer <- CreateSeuratObject(counts = cancer.rna, project = "GSE84133", min.cells = 3, min.features = 200)
Warning message:
In storage.mode(from) <- "double" : NAs introduced by coercion我收到一条错误消息: In storage.mode(from) <- "double“：NAs by from。请告诉我怎么用。
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2019-09-01 04:02:19
这是因为函数read.table没有指定列名和CreateSeuratObject训练来计算名称为X的列的平均值。只需在read.table中设置row.names = 1，用于指向名称列。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/56613534
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