Snakemake:在一个输出目录中输出文件
Snakemake:在一个输出目录中输出文件
提问于 2021-04-21 22:21:45
我正在运行的程序只需要指定目录即可保存输出文件。如果我用snakemake运行它，它会给我错误：
IOError: [Errno 2] No such file or directory: 'BOB/call_images/chrX_194_1967_BOB_78.rpkm.png'我的尝试：
rule all:
input:
"BOB/call_images/"
rule plot:
input:
hdf="BOB/hdf5/analysis.hdf5",
txt="BOB/calls.txt"
output:
directory("BOB/call_images/")
shell:
"""
python someprogram.py plotcalls --input {input.hdf} --calls {input.txt} --outputdir {output[0]}
"""这两个版本都不工作：
output:
outdir="BOB/call_images/"Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2021-04-21 22:42:19
通常，snakemake会为指定的输出文件创建输出目录。snakemake directory()声明告诉snakemake目录就是输出，所以它让规则来创建输出目录。
如果您可以预测输出文件的名称(即使您没有在命令行中指定它们)，那么您应该在output:字段中告诉snakemake输出文件名。例如：
rule plot:
input:
hdf="BOB/hdf5/analysis.hdf5",
txt="BOB/calls.txt"
output:
"BOB/call_images/chrX_194_1967_BOB_78.rpkm.png"
params:
outdir="BOB/call_images"
shell:
"""
python someprogram.py plotcalls --input {input.hdf} --calls {input.txt} --outputdir {params.outdir}
"""(使用params来定义输出目录而不是在shell命令中对其进行硬编码的好处是，您可以在其中使用通配符)
如果无法预测输出文件名，则必须手动运行mkdir -p {output}作为外壳命令的第一步。
rule plot:
input:
hdf="BOB/hdf5/analysis.hdf5",
txt="BOB/calls.txt"
output: directory("BOB/call_images")
shell:
"""
mkdir -p {output}
python someprogram.py plotcalls --input {input.hdf} --calls {input.txt} --outputdir {output}
"""页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/67197779
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