Snakemake InputFunctionExceptionAttributeError：“通配符”对象没有属性
Snakemake InputFunctionExceptionAttributeError：“通配符”对象没有属性
提问于 2020-04-15 04:28:57
我有一个列表对象，其中包含芯片序列单端fastq文件名为allfiles=['/path/file1.fastq','/path/file2.fastq','/path/file3.fastq']。我正在尝试将该对象allfiles设置为通配符(我想要fastqc规则的输入(以及其他规则，如映射，但让它保持简单)。我尝试了下面的代码(lambda wildcards: data.loc[(wildcards.sample),'read1'])。然而，这给了我一个错误
"InputFunctionException in line 118 of Snakefile:
AttributeError: 'Wildcards' object has no attribute 'sample'
Wildcards:
" 有没有人确切知道如何定义它？看起来我已经很接近了，我得到了大概的想法，但是我没有得到正确的语法并执行它。谢谢！
代码：
import pandas as pd
import numpy as np
# Read in config file parameters
configfile: 'config.yaml'
sampleFile = config['samples'] # three columns: sample ID , /path/to/chipseq_file_SE.fastq , /path/to/chipseq_input.fastq
outputDir = config['outputdir'] # output directory
outDir = outputDir + "/MyExperiment"
qcDir = outDir + "/QC"
# Read in the samples table
data = pd.read_csv(sampleFile, header=0, names=['sample', 'read1', 'inputs']).set_index('sample', drop=False)
samples = data['sample'].unique().tolist() # sample IDs
read1 = data['read1'].unique().tolist() # ChIP-treatment file single-end file
inplist= data['inputs'].unique().tolist() # the ChIP-input files
inplistUni= data['inputs'].unique().tolist() # the ChIP-input files (unique)
allfiles = read1 + inplistUni
# Target rule
rule all:
input:
expand(f'{qcDir}' + '/raw/{sample}_fastqc.html', sample=samples),
expand(f'{qcDir}' + '/raw/{sample}_fastqc.zip', sample=samples),
# fastqc report generation
rule fastqc:
input: lambda wildcards: data.loc[(wildcards.sample), 'read1']
output:
html=expand(f'{qcDir}' + '/raw/{sample}_fastqc.html',sample=samples) ,
zip=expand(f'{qcDir}' + '/raw/{sample}_fastqc.zip',sample=samples)
log: expand(f'{logDir}' + '/qc/{sample}_fastqc_raw.log',sample=samples)
threads: 4
wrapper: "fastqc {input} 2>> {log}"回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2020-04-15 05:35:50
目前，rule fastqc的output文件在解析后没有任何通配符。也就是说，当前在snakefile中有一个作业，其中rule fastqc尝试为所有样本生成一个输出文件。
但是，您似乎希望为每个示例单独运行rule fastqc。在这种情况下，需要将其泛化如下，其中{sample}是通配符：
rule fastqc:
input: lambda wildcards: data.loc[(wildcards.sample), 'read1']
output:
html = qcDir + '/raw/{sample}_fastqc.html,
zip=qcDir + '/raw/{sample}_fastqc.zip'
log: logDir + '/qc/{sample}_fastqc_raw.log'
threads: 4
shell: "fastqc {input} 2>> {log}"页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/61216641
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