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社区首页 >问答首页 >运行文档中的cwl包装器时出错

运行文档中的cwl包装器时出错
EN

Stack Overflow用户
提问于 2021-10-20 10:18:46
回答 1查看 22关注 0票数 0

在运行snakemake文档中的CWL支持示例时:https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/modularization.html#common-workflow-language-cwl-support

我得到了以下错误输出,

代码语言:javascript
运行
复制
(snakemake) pedro@Gen83-ubuntu:~/projects/sandbox/cwl-test$ snakemake -j12 "mapped/foo.sorted.bam"
Building DAG of jobs...
Using shell: /bin/bash
Provided cores: 12
Rules claiming more threads will be scaled down.
Job stats:
job              count    min threads    max threads
-------------  -------  -------------  -------------
samtools_sort        1              8              8
total                1              8              8

Select jobs to execute...

[Wed Oct 20 11:20:03 2021]
rule samtools_sort:
    input: mapped/foo.unsorted.bam
    output: mapped/foo.sorted.bam
    jobid: 0
    wildcards: sample=foo
    threads: 8
    resources: tmpdir=/tmp

/usr/bin/cwltool 1.0.20180302231433
I'm sorry, I couldn't load this CWL file, try again with --debug for more information.
The error was: mapping values are not allowed here
  in "https://github.com/common-workflow-language/workflows/blob/fb406c95/tools/samtools-sort.cwl", line 137, column 65

Snakefile几乎是文档代码的复制-粘贴:

代码语言:javascript
运行
复制
rule samtools_sort:
    input:
        input="mapped/{sample}.unsorted.bam"
    output:
        output_name="mapped/{sample}.sorted.bam"
    params:
        threads=lambda wildcards, threads: threads,
        memory="4G"
    threads: 8
    cwl:
        "https://github.com/common-workflow-language/workflows/blob/"
        "fb406c95/tools/samtools-sort.cwl"

conda环境中的Snakemake和cwltool版本是,

代码语言:javascript
运行
复制
(snakemake) pedro@Gen83-ubuntu:~/projects/sandbox/cwl-test$ cwltool --version
/usr/bin/cwltool 1.0.20180302231433
(snakemake) pedro@Gen83-ubuntu:~/projects/sandbox/cwl-test$ snakemake --version
6.9.1

如何成功运行此示例?

EN

回答 1

Stack Overflow用户

发布于 2021-10-25 12:47:00

如果其他人也有同样的问题,那么问题出在cwl URL中的"blob“,它应该是"raw”。

代码语言:javascript
运行
复制
...
    cwl:
        "https://github.com/common-workflow-language/workflows/raw/"
        "fb406c95/tools/samtools-sort.cwl"

应该行得通。

票数 0
EN
页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接:

https://stackoverflow.com/questions/69644179

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