我正在研究一个描述分子荧光发射的动力学模型。
我能够通过实验测量四个参数:两个寿命(τ1,τ2),荧光量子产率(ϕf)和辐射率(kr)。
我的模型包含三个未知率: kMR、kRM和knr。我有一组包含所有这些值的三个方程,我想使用渐近来解决这三个未知数。
代码如下:
from sympy import *
kr, k1, k2, phi, kMR,kRM,knr = symbols('kr k1 k2 phi kMR kRM knr', real=True)
#kr = 0.00014
#k1 = 1/9
#k2 = 1/49
#phi= 0.005
Phi = kr/(kr+kMR-kMR*kRM/(kRM+knr))
X = kr + kMR
Y = kRM + knr
K1 = (X+Y+sqrt(X**2-2*X*Y+Y**2+4*kMR*kRM))/2
K2 = (X+Y-sqrt(X**2-2*X*Y+Y**2+4*kMR*kRM))/2
solutions = solve([K1-k1,K2-k2,Phi-phi],(kMR,kRM,knr))
print(solutions)
如果我取消对测量值的注释,几秒钟内就会找到一个数值解。然而,我的测量很容易出错,所以我有兴趣探索整个解决方案空间,看看模型对每个参数有多敏感。我在不同的实验中也有不同的测量值。因此,我希望根据测量值获得kMR、kRM和knr的符号表达式。不幸的是,如果我运行它,它就不会收敛。
你能帮我得到我正在寻找的符号解吗?
谢谢!
发布于 2020-09-25 20:10:18
我不确定solve
到底在做什么,但我建议你重写你的方程,不带平方根,你可以用unrad
来做。例如,你的第一个方程是:
In [50]: K1 - k1
Out[50]:
_____________________________________________________________________
╱ 2 2
kMR kRM knr kr ╲╱ 4⋅kMR⋅kRM + (kMR + kr) - (2⋅kMR + 2⋅kr)⋅(kRM + knr) + (kRM + knr)
-k₁ + ─── + ─── + ─── + ── + ────────────────────────────────────────────────────────────────────────
2 2 2 2 2
In [51]: from sympy.solvers.solvers import unrad
In [52]: unrad(K1 - k1)
Out[52]:
⎛ 2 ⎞
⎝k₁ - k₁⋅kMR - k₁⋅kRM - k₁⋅knr - k₁⋅kr + kMR⋅knr + kRM⋅kr + knr⋅kr, []⎠
应用这一点给出了一个多项式系统,其解可能是原始系统解的超集。
这给了我们:
In [53]: eq1 = unrad(K1-k1)[0]
In [54]: eq2 = unrad(K2-k2)[0]
In [55]: solve([eq1, eq2, Phi-phi], [kMR, kRM, knr])
Out[55]:
⎡⎛ k₁⋅k₂⋅φ k₁⋅k₂⋅(k₁⋅φ - kr)⋅(k₂⋅φ - kr) k₁⋅k₂⋅kr⋅(φ - 1) ⎞⎤
⎢⎜- ─────── + k₁ + k₂ - kr, ──────────────────────────────────, ─────────────────────────────⎟⎥
⎢⎜ kr ⎛ 2⎞ 2⎟⎥
⎣⎝ kr⋅⎝k₁⋅k₂⋅φ - k₁⋅kr - k₂⋅kr + kr ⎠ k₁⋅k₂⋅φ - k₁⋅kr - k₂⋅kr + kr ⎠⎦
https://stackoverflow.com/questions/64063292
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