通过colname标识填充矩阵
通过colname标识填充矩阵
提问于 2019-09-22 05:25:14
我有很多样本，每个样本都有一个相应的丰度矩阵。从这些丰度矩阵中，我想创建一个大矩阵，其中包含行中每个样本的丰度信息。
例如，单个丰度矩阵将如下所示：
A B C D
sample1 1 3 4 2其中A、B、C和D表示列名称，而丰度是行值。
我想通过匹配colname值来填充我的更大的矩阵，它将所有可能的字母(A:Z)和所有可能的样本(sample1:sampleN)作为行，并将所有可能的字母(A:Z)作为colname。
对于ex。：
A B C D E F G .... Z
sample1 1 3 4 2 NA NA NA ....
sample2 NA NA 2 5 7 NA NA ....
sample3 4 NA 6 9 2 NA 2 .....
....
sampleN不同的样品具有不同的丰度组合，没有保证的顺序。
当迭代地添加到这个更大的矩阵时，如何确保正确的列由正确的丰度值填充(例如，"A“列仅由不同样本中"A”的丰度对应的值填充？谢谢!
回答 3
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2019-09-22 06:00:57
从数据开始，稍微更改一下以突出差异：
m1 <- as.matrix(read.table(header=TRUE, text="
A B C Z
sample1 1 3 4 2"))
m2 <- as.matrix(read.table(header=TRUE, text="
A B C D E F G
sample2 NA NA 2 5 7 NA NA
sample3 4 NA 6 9 2 NA 2"))首先，我们需要确保两个矩阵具有相同的列名：
newcols <- setdiff(colnames(m2), colnames(m1))
m1 <- cbind(m1, matrix(NA, nr=nrow(m1), nc=length(newcols), dimnames=list(NULL, newcols)))
newcols <- setdiff(colnames(m1), colnames(m2))
m2 <- cbind(m2, matrix(NA, nr=nrow(m2), nc=length(newcols), dimnames=list(NULL, newcols)))
m1
# A B C Z D E F G
# sample1 1 3 4 2 NA NA NA NA
m2
# A B C D E F G Z
# sample2 NA NA 2 5 7 NA NA NA
# sample3 4 NA 6 9 2 NA 2 NA现在我们将它们组合在一起；常规的cbind也需要列名对齐：
rbind(m2, m1[,colnames(m2),drop=FALSE])
# A B C D E F G Z
# sample2 NA NA 2 5 7 NA NA NA
# sample3 4 NA 6 9 2 NA 2 NA
# sample1 1 3 4 NA NA NA NA 2Stack Overflow用户
发布于 2019-09-22 06:26:02
您应该能够利用矩阵索引，如下所示：
big[cbind(rownames(abun),colnames(abun))] <- abun使用此示例abun舞蹈矩阵，并使用big矩阵填充：
abun <- matrix(c(1,3,4,2),nrow=1,dimnames=list("sample1",LETTERS[1:4]))
big <- matrix(NA,nrow=5,ncol=26,dimnames=list(paste0("sample",1:5),LETTERS))Stack Overflow用户
发布于 2019-09-22 07:57:04
另一个使用purrr包中的reduce和dplyr包中的union_all的解决方案：
library(purrr)
library(dplyr)
sample_names <- c("sample1","sample2","sample3")生成3个随机数量的数据帧：
num1 <- round(runif(runif(1,min = 1, max = 10),min = 1, max = 10))
df1 <- data.frame(t(num1))
colnames(df1) <- sample(LETTERS,length(num1))
num2 <- round(runif(runif(1,min = 1, max = 10),min = 1, max = 10))
df2 <- data.frame(t(num2))
colnames(df2) <- sample(LETTERS,length(num2))
num3 <- round(runif(runif(1,min = 1, max = 10),min = 1, max = 10))
df3 <- data.frame(t(num3))
colnames(df3) <- sample(LETTERS,length(num3))这实际上是实现所有魔术的代码：
A <- reduce(list(df1,df2,df3),union_all)
col_order <- sort(colnames(A),decreasing = FALSE)
A <- A[,col_order]
rownames(A) <- sample_names输出：
> A
A C E F O P Q U W Y
sample1 9 NA NA NA 9 NA 5 6 NA NA
sample2 NA NA NA NA 5 4 NA NA 5 NA
sample3 NA 6 5 9 NA NA 3 NA 5 7页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/58044238
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